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- PDB-1ftd: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'-SYMMETRIC BIS-BENZIM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ftd
タイトル5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'-SYMMETRIC BIS-BENZIMIDAZOLE COMPLEX
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / MINOR GROOVE BINDING
機能・相同性Chem-E97 / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mann, J. / Baron, A. / Opoku-Boahen, Y. / Johansson, E. / Parkinson, G. / Kelland, L.R. / Neidle, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2001
タイトル: A new class of symmetric bisbenzimidazole-based DNA minor groove-binding agents showing antitumor activity.
著者: Mann, J. / Baron, A. / Opoku-Boahen, Y. / Johansson, E. / Parkinson, G. / Kelland, L.R. / Neidle, S.
履歴
登録2000年9月12日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02001年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9404
ポリマ－7,3272
非ポリマー6132
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.15, 39.94, 65.65
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-E97 / [3-(4-{2'-[4-(3-DIMETHYLAMINO-PROPOXY)-PHENYL]-3H,3'H-[5,5']BIBENZOIMIDAZOLYL-2-YL}-PHENOXY)-PROPYL]-DIMETHYL-AMINE / 6,6′-ビ[2-[4-[3-(ジメチルアミノ)プロポキシ]フェニル]-1H-ベンゾイミダゾ-ル]


分子量: 588.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H40N6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: SODIUM CACODYLATE, MPD, SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE, NACL, MGCL2, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CACODYLATE11
2SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE11
3NACL11
4MGCL211
5MPD11
6MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11 mMDNA1dropsingle stranded
210 mMsodium cacodylate1drop
30.5 mMcompound 51drop
45 %MPD1drop
56 mMspermine tetrahydrochloride1drop
640 mM1dropNaCl
710 mM1MgCl2
835 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 4891 / Num. obs: 4427 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 4
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.292 448 RANDOM 10%
Rwork0.244 --
all0.249 4198 -
obs0.242 4063 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 51 79 616
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONs_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONs_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONs_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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