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- PDB-1fkn: Structure of Beta-Secretase Complexed with Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fkn
タイトルStructure of Beta-Secretase Complexed with Inhibitor
要素
  • MEMAPSIN 2
  • inhibitor
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Alzheimer's disease / beta-secretase / memapsin 2 / BASE / aspartic protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / response to insulin-like growth factor stimulus / cellular response to manganese ion / multivesicular body / swimming behavior / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / protein serine/threonine kinase binding / trans-Golgi network / protein processing / recycling endosome / response to lead ion / cellular response to amyloid-beta / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-SECRETASE INHIBITOR OM99-2 / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hong, L. / Koelsch, G. / Lin, X. / Wu, S. / Terzyan, S. / Ghosh, A. / Zhang, X.C. / Tang, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Structure of the protease domain of memapsin 2 (beta-secretase) complexed with inhibitor.
著者: Hong, L. / Koelsch, G. / Lin, X. / Wu, S. / Terzyan, S. / Ghosh, A.K. / Zhang, X.C. / Tang, J.
履歴
登録2000年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02000年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEMAPSIN 2
B: MEMAPSIN 2
C: inhibitor
D: inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0404
ポリマ－89,0404
非ポリマー00
水9,530529
1
A: MEMAPSIN 2
C: inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5202
ポリマ－44,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MEMAPSIN 2
D: inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5202
ポリマ－44,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.652, 85.853, 109.237
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 MEMAPSIN 2 / BETA-SECRETASE


分子量: 43627.191 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: タンパク質・ペプチド inhibitor


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 892.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: BETA-SECRETASE INHIBITOR OM99-2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 22.5% PEG 8000, 0.1M Na-cacodylate, 0.2M ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 56 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.2 Mammonium sulfate1reservoir
222.5 %PEG80001reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 144164 / Num. obs: 69056 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / % possible all: 68.5
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 144164
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2 Å / % possible obs: 68.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化解像度: 1.9→24.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 340489.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 6748 10.1 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 69056 90 %-
all-144164 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.74 Å2 / ksol: 0.434 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.96 Å20 Å27.73 Å2
2---8.93 Å20 Å2
3----4.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6254 0 0 529 6783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.12
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 771 10.1 %
Rwork0.248 6833 -
obs--59.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2OM99.PARAMOM99.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 29.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.12
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.274 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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