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- PDB-1fen: CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON COMPLEXES BETWEEN RETINOIDS AND PLASM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fen
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON COMPLEXES BETWEEN RETINOIDS AND PLASMA RETINOL-BINDING PROTEIN
要素RETINOL BINDING PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol transport / retinol transmembrane transporter activity / retinal binding / retinol binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Retinol binding protein/Purpurin / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALL-TRANS AXEROPHTHENE / Retinol-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zanotti, G. / Marcello, M. / Malpeli, G. / Sartori, G. / Berni, R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Crystallographic studies on complexes between retinoids and plasma retinol-binding protein.
著者: Zanotti, G. / Marcello, M. / Malpeli, G. / Folli, C. / Sartori, G. / Berni, R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: The Interaction of N-Ethyl Retinamide with Plasma Retinol-Binding Protein (Rbp) and the Crystal Structure of the Retinoid-Rbp Complex at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Zanotti, G. / Malpeli, G. / Berni, R.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Liganded and Unliganded Forms of Bovine Plasma Retinol-Binding Protein
著者: Zanotti, G. / Berni, R. / Monaco, H.L.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of the Trigonal Form of Human Plasma Retinol-Binding Protein at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Zanotti, G. / Ottonello, S. / Berni, R. / Monaco, H.L.
履歴
登録1994年8月29日処理サイト: BNL
改定 1.01994年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOL BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3662
ポリマ－21,0961
非ポリマー2701
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.380, 49.200, 76.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RETINOL BINDING PROTEIN


分子量: 21095.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P18902
#2: 化合物 ChemComp-AZE / ALL-TRANS AXEROPHTHENE / デオキシビタミンA


分子量: 270.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 41 %
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis / PH range low: 5.3 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16-10 mg/mlbRBP11
20.1 Msodium chloride12
30.01-1. mMcadmium acetate12
40.1 Msodium acetate12

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 10137 / % possible obs: 60 % / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 16650 / Rmerge(I) obs: 0.07

-
解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.9→9 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.193 10137
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1423 0 20 162 1605
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 10137 / Rfactor all: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0060.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.310
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0050.02
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0050.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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