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万見
- PDB-1eye: 1.7 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF 6-HYDROXYMETHYL-7,8-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eye
タイトル1.7 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTEROATE SYNTHASE (DHPS) FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN COMPLEX WITH 6-HYDROXYMETHYLPTERIN MONOPHOSPHATE
要素DIHYDROPTEROATE SYNTHASE I
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTERIN-6-YL-METHYL-MONOPHOSPHATE / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Baca, A.M. / Sirawaraporn, R. / Turley, S. / Sirawaraporn, W. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis 7,8-dihydropteroate synthase in complex with pterin monophosphate: new insight into the enzymatic mechanism and sulfa-drug action.
著者: Baca, A.M. / Sirawaraporn, R. / Turley, S. / Sirawaraporn, W. / Hol, W.G.
履歴
登録2000年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROPTEROATE SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1703
ポリマ－28,8731
非ポリマー2972
水4,396244
1
A: DIHYDROPTEROATE SYNTHASE I
ヘテロ分子

A: DIHYDROPTEROATE SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3416
ポリマ－57,7462
非ポリマー5954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area4280 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.900, 62.900, 121.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A a symmetry partner generated by the two-fold.

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROPTEROATE SYNTHASE I / DHPS 1


分子量: 28872.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
生物種: Mycobacterium tuberculosis / 株: H37RV / プラスミド: PKOS007-90 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A578, UniProt: P9WND1*PLUS, dihydropteroate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
詳細: PtP was synthesized from 6-hydroxymethyl pterin and pyrophosphoric acid as described by Shiota et al., 1964
#3: 化合物 ChemComp-PMM / PTERIN-6-YL-METHYL-MONOPHOSPHATE / 6-ヒドロキシメチルプテリン一りん酸


分子量: 273.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N5O5P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: PEG 4000, Sodium Acetate, Ammonium Acetate, para-aminosalicylic acid, 6-hydroxymethl pterin monophosphate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMsodium acetate1reservoir
2200 mMammonium acetate1reservoir
330 %(w/v)PEG40001reservoir
43 mMPtP1reservoir
53 mMpABA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→26.5 Å / Num. all: 136341 / Num. obs: 25211 / % possible obs: 80.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 20.649 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 32.411
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Num. unique all: 2137 / % possible all: 69.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 136341
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 1.7→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT default
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1236 -RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.185 25211 --
obs0.185 25211 80.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1847 0 19 244 2110
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg15.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONt_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONt_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONt_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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