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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1erb | ||||||
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タイトル | THE INTERACTION OF N-ETHYL RETINAMIDE WITH PLASMA RETINOL-BINDING PROTEIN (RBP) AND THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE RETINOID-RBP COMPLEX AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | RETINOL BINDING PROTEIN![]() | ||||||
![]() | RETINOL TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() retinol transport / retinol transmembrane transporter activity / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Zanotti, G. / Berni, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The interaction of N-ethyl retinamide with plasma retinol-binding protein (RBP) and the crystal structure of the retinoid-RBP complex at 1.9-A resolution. 著者: Zanotti, G. / Malpeli, G. / Berni, R. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Trigonal Form of Human Plasma Retinol-Binding Protein at 2.5 Angstroms Resolution 著者: Zanotti, G. / Ottonello, S. / Berni, R. / Monaco, H.L. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Liganded and Unliganded Forms of Bovine Plasma Retinol-Binding Protein 著者: Zanotti, G. / Berni, R. / Monaco, H.L. #3: ![]() タイトル: The Bovine Plasma Retinol-Binding Protein. Amino Acid Sequence, Interaction with Transthyretin, Crystallization and Preliminary X-Ray Data 著者: Berni, R. / Stoppini, M. / Zapponi, C.M. / Meloni, M.L. / Monaco, H.L. / Zanotti, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CYS 174 - ASP 175 OMEGA = 0.02 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 21095.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ETR / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.21 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | *PLUS 手法: microdialysis / 詳細: referred to 1hbq / PH range low: 5.3 / PH range high: 5 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 11262 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 37176 / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 59 % / Num. unique obs: 1645 |
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解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.172 / 最高解像度: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 9 Å / Num. reflection obs: 11261 / σ(I): 1 / Rfactor obs: 0.172 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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