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万見
- PDB-1elu: COMPLEX BETWEEN THE CYSTINE C-S LYASE C-DES AND ITS REACTION PROD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1elu
タイトルCOMPLEX BETWEEN THE CYSTINE C-S LYASE C-DES AND ITS REACTION PRODUCT CYSTEINE PERSULFIDE.
要素L-CYSTEINE/L-CYSTINE C-S LYASE
キーワードLYASE / FeS cluster biosynthesis / pyridoxal 5'-phosphate / thiocysteine / aminoacrylate / enzyme-product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-MERCAPTOCYSTEINE / : / Chem-PDA / L-cysteine/cystine lyase C-DES
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Clausen, T. / Kaiser, J.T. / Steegborn, C. / Huber, R. / Kessler, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the cystine C-S lyase from Synechocystis: stabilization of cysteine persulfide for FeS cluster biosynthesis.
著者: Clausen, T. / Kaiser, J.T. / Steegborn, C. / Huber, R. / Kessler, D.
履歴
登録2000年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-CYSTEINE/L-CYSTINE C-S LYASE
B: L-CYSTEINE/L-CYSTINE C-S LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5657
ポリマ－85,6932
非ポリマー8725
水13,547752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area26310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.448, 65.386, 170.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 L-CYSTEINE/L-CYSTINE C-S LYASE


分子量: 42846.578 Da / 分子数: 2
断片: 11 RESIDUES OF THE WT-N-TERMINUS REPLACED BY OCTAPEPTIDE
変異: MADPVNLIPDR TO MTMITPSL / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6714 / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: Q9ZHG9
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-PDA / 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-PROPIONIC ACID / PYRIDOXYL-ALANINE-5-PHOSPHATE / N-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチル]-L-アラニン


分子量: 320.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7P
#4: 化合物 ChemComp-CSS / S-MERCAPTOCYSTEINE / システインペルスルフィド


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 153.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG8000, ammonium sulfate, phosphate, citrate, barium chloride, cysteine, cystine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 33 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlC-DES1drop
210 mMMOPS/NaOH1drop
30.010 mMPLP1drop
427 %(v/v)PEG80001reservoir
50.1 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 Mcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.89
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→25 Å / Num. all: 224370 / Num. obs: 95716 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.57 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / % possible all: 87.3
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 224370
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.55→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum-likelihood on amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 4310 -RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.218 224370 --
obs0.218 95716 93.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5876 0 52 752 6680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.58
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.4 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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