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- PDB-1el9: COMPLEX OF MONOMERIC SARCOSINE OXIDASE WITH THE INHIBITOR [METHYL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1el9
タイトルCOMPLEX OF MONOMERIC SARCOSINE OXIDASE WITH THE INHIBITOR [METHYLTHIO]ACETATE
要素SARCOSINE OXIDE
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein / oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via L-pipecolate / L-pipecolate oxidase activity / saccharopine oxidase activity / sarcosine oxidase activity / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sarcosine oxidase, monomeric / MTOX family / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Sarcosine oxidase, monomeric / MTOX family / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / [METHYLTHIO]ACETATE / PHOSPHATE ION / Monomeric sarcosine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wagner, M.A. / Trickey, P. / Chen, Z.-W. / Mathews, F.S. / Jorns, M.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Monomeric sarcosine oxidase: 1. Flavin reactivity and active site binding determinants.
著者: Wagner, M.A. / Trickey, P. / Chen, Z.W. / Mathews, F.S. / Jorns, M.S.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Monomeric Sarcosine Oxidase: Structure of a Covalently Flavinylated Amine Oxidizing Enzyme
著者: Trickey, P. / Wagner, M.A. / Jorns, M.S. / Mathews, F.S.
履歴
登録2000年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARCOSINE OXIDE
B: SARCOSINE OXIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,99611
ポリマ－86,8592
非ポリマー2,1379
水9,944552
1
A: SARCOSINE OXIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4515
ポリマ－43,4301
非ポリマー1,0214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SARCOSINE OXIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5466
ポリマ－43,4301
非ポリマー1,1165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.762, 69.587, 73.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is monomer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SARCOSINE OXIDE


分子量: 43429.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: B-0618 / Cell (発現宿主): DH1 CELLS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P40859, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)

-
非ポリマー , 5種, 561分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-MTG / [METHYLTHIO]ACETATE / 2-(メチルチオ)アセタ-ト


分子量: 105.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
解説: MAD phasing was not used to solve 1EL9 and 1ELI, but rather direct refinement as the crystals were isomorphous enough to the native crystals for phasing. Selenomethionine crystals were used ...解説: MAD phasing was not used to solve 1EL9 and 1ELI, but rather direct refinement as the crystals were isomorphous enough to the native crystals for phasing. Selenomethionine crystals were used for the experiments since they were the only ones on hand at the time. Kinetic studies showed that the presence of selenomethionine had little effect.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: phosphate, tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
32.1 Msodium/potassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→500 Å / Num. all: 49552 / Num. obs: 43804 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 9.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.55 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Num. unique all: 2639 / % possible all: 53.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 53.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 4474 -RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 43663 87.6 %-
all-49828 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6016 0 135 552 6703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.68
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.311 / Rfactor Rwork: 0.278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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