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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1el9 | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF MONOMERIC SARCOSINE OXIDASE WITH THE INHIBITOR [METHYLTHIO]ACETATE | ||||||
![]() | SARCOSINE OXIDE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / flavoprotein / oxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via L-pipecolate / L-pipecolate oxidase activity / saccharopine oxidase activity / sarcosine oxidase activity / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Wagner, M.A. / Trickey, P. / Chen, Z.-W. / Mathews, F.S. / Jorns, M.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Monomeric sarcosine oxidase: 1. Flavin reactivity and active site binding determinants. 著者: Wagner, M.A. / Trickey, P. / Chen, Z.W. / Mathews, F.S. / Jorns, M.S. #1: ![]() タイトル: Monomeric Sarcosine Oxidase: Structure of a Covalently Flavinylated Amine Oxidizing Enzyme 著者: Trickey, P. / Wagner, M.A. / Jorns, M.S. / Mathews, F.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is monomer. |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43429.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P40859, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) |
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-非ポリマー , 5種, 561分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MTG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MTG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 % 解説: MAD phasing was not used to solve 1EL9 and 1ELI, but rather direct refinement as the crystals were isomorphous enough to the native crystals for phasing. Selenomethionine crystals were used ...解説: MAD phasing was not used to solve 1EL9 and 1ELI, but rather direct refinement as the crystals were isomorphous enough to the native crystals for phasing. Selenomethionine crystals were used for the experiments since they were the only ones on hand at the time. Kinetic studies showed that the presence of selenomethionine had little effect. | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: phosphate, tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→500 Å / Num. all: 49552 / Num. obs: 43804 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 9.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.55 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Num. unique all: 2639 / % possible all: 53.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 53.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→500 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.311 / Rfactor Rwork: 0.278 |