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万見
- PDB-1ekk: CRYSTAL STRUCTURE OF HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE IN THE R3 FORM W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ekk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE IN THE R3 FORM WITH HYDROXYETHYLTHIAZOLE
要素HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
キーワードTRANSFERASE / Alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyethylthiazole kinase / hydroxyethylthiazole kinase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyethylthiazole kinase / Hydroxyethylthiazole kinase family / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SULFUR DIOXIDE / 2-(4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-ETHANOL / Hydroxyethylthiazole kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Campobasso, N. / Mathews, I.I. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of 4-methyl-5-beta-hydroxyethylthiazole kinase from Bacillus subtilis at 1.5 A resolution.
著者: Campobasso, N. / Mathews, I.I. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2000年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
B: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9596
ポリマ－56,5442
非ポリマー4154
水3,279182
1
A: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
ヘテロ分子

A: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
ヘテロ分子

A: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4389
ポリマ－84,8163
非ポリマー6226
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28780 Å2
手法PISA, PQS
2
B: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4793
ポリマ－28,2721
非ポリマー2072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
ヘテロ分子

B: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
ヘテロ分子

B: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4389
ポリマ－84,8163
非ポリマー6226
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.040, 78.040, 232.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

SO2

21A-301-

SO2

31B-302-

SO2

41B-302-

SO2

詳細biological assembly is a trimer. The crystallographic three-fold generates a trimer from chain A and chain B, respectively

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要素

#1: タンパク質 HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE


分子量: 28272.166 Da / 分子数: 2 / 変異: C198(CSD) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39593, hydroxyethylthiazole kinase
#2: 化合物 ChemComp-TZE / 2-(4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-ETHANOL / 4-METHYL-5-HYDROXYETHYLTHIAZOLE


分子量: 143.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9NOS
#3: 化合物 ChemComp-SO2 / SULFUR DIOXIDE


分子量: 64.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Tris, 100mM ammonium sulfate, 30% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1reservoir
3100 mMammonium sulfate1reservoir
430 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.94
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→10 Å / Num. all: 35800 / Num. obs: 35426 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.98 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / % possible all: 99
反射
*PLUS
Num. measured all: 209109
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Mean I/σ(I) obs: 8.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1752 -Random
Rwork0.205 ---
all0.207 35444 --
obs0.207 35372 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3924 0 24 182 4130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.04
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.04
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.209 / Rfactor Rwork: 0.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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