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万見
- PDB-1eio: ILEAL LIPID BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH GLYCOCHOLATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eio
タイトルILEAL LIPID BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH GLYCOCHOLATE
要素ILEAL LIPID BINDING PROTEIN
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / bile acid binding / protein-ligand interaction / LIPID-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid transport / fatty acid binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCOCHOLIC ACID / Gastrotropin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Luecke, C. / Zhang, F. / Hamilton, J.A. / Sacchettini, J.C. / Rueterjans, H.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: Solution structure of ileal lipid binding protein in complex with glycocholate.
著者: Luecke, C. / Zhang, F. / Hamilton, J.A. / Sacchettini, J.C. / Rueterjans, H.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Flexibility is a likely determinant of binding in the case of Ileal Lipid Binding Protein
著者: Luecke, C. / Zhang, F. / Rueterjans, H. / Hamilton, J.A. / Sacchettini, J.C.
#2: ジャーナル: Mol.Cell.Biochem. / 年: 1999
タイトル: A comparative study of the backbone dynamics of two closely related lipid binding proteins: bovine heart Fatty Acid Binding Protein and porcine Ileal Lipid Binding Protein
著者: Luecke, C. / Fushman, D. / Ludwig, C. / Hamilton, J.A. / Sacchettini, J.C. / Rueterjans, H.
履歴
登録2000年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ILEAL LIPID BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5602
ポリマ－14,0941
非ポリマー4661
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 8structures with the lowest energies after docking of ligand
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ILEAL LIPID BINDING PROTEIN


分子量: 14093.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / プラスミド: PET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10289
#2: 化合物 ChemComp-GCH / GLYCOCHOLIC ACID / N-CHOLYLGLYCINE / グリココ-ル酸


分子量: 465.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H43NO6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D 1H/13C-NOESY
1312D TOCSY

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試料調製

詳細内容: 3-4mM ILBP/glycocholate complex / 溶媒系: 20mM phosphate; 0.05% azide; 90% H2O, 10% D2O
試料状態イオン強度: 20mM KH2PO4 / pH: 5.0 / 圧: ambient / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DRXBrukerDRX8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.3Brukercollection
AURELIA2.1Brukerデータ解析
Felix95MSIデータ解析
DIANA2.8Guenthert構造決定
SYBYL6.4Tripos精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the ligand was docked into the protein structure by simulated annealing
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energies after docking of ligand
計算したコンフォーマーの数: 8 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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