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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1efa | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAC REPRESSOR DIMER BOUND TO OPERATOR AND THE ANTI-INDUCER ONPF | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / protein-dna complex / helix-turn-helix / gene regulation / molecular switch / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Bell, C.E. / Lewis, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: A closer view of the conformation of the Lac repressor bound to operator. 著者: Bell, C.E. / Lewis, M. #1: ジャーナル: Science / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of the lactose operon repressor and its complexes with DNA and inducer 著者: Lewis, M. / Chang, G. / Horton, N.C. / Kercher, M.A. / Pace, H.C. #2: ジャーナル: Science / 年: 1995 タイトル: Crystal structure of lac repressor core tetramer and its implications for DNA looping 著者: Friedman, A.M. / Fischmann, T.O. / Steitz, T.A. #3: ジャーナル: Structure / 年: 1999 タイトル: The solution structure of lac repressor headpiece 62 complexed to a symmetrical lac operator sequence determined by NMR and restrained molecular dynamics 著者: Spronk, C.A.E.M. / Bonvin, A.M.J.J. / Radha, P.K. / Melacini, G. / Boelens, R. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Refined structure of lac repressor headpiece (1-56) determined by relaxation matrix calculations from 2D and 3D NOE data: change of tertiary structure upon binding to the lac operator 著者: Slijper, M. / Bonvin, A.M. / Boelens, R. / Kaptein, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1efa.cif.gz | 205.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1efa.ent.gz | 161.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1efa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1efa_validation.pdf.gz | 576.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1efa_full_validation.pdf.gz | 604.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1efa_validation.xml.gz | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1efa_validation.cif.gz | 35 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1efa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1efa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6462.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 35756.797 Da / 分子数: 3 / Fragment: RESIDUES 1-333 / Mutation: ALA109THR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03023 #3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonium sulfate, PEG 400, HEPES, Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→17 Å / Num. all: 75989 / Num. obs: 74896 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.68 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Num. unique all: 6272 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 392400 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 953713.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.17 Å2 / ksol: 0.477 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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