+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e6s | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MYROSINASE FROM SINAPIS ALBA with bound gluco-hydroximolactam and sulfate | |||||||||
![]() | MYROSINASE MA1 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / FAMILY 1 GLYCOSYL HYDROLASE / GLUCOSINOLATE / TIM BARREL / INHIBITOR / TRANSITION STATE ANALOGUE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() thioglucosidase / thioglucosidase activity / glucosinolate glucohydrolase activity / glucosinolate catabolic process / vacuole / beta-glucosidase activity / response to salt stress / carbohydrate metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Burmeister, W.P. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: High Resolution X-Ray Crystallography Shows that Ascorbate is a Cofactor for Myrosinase and Substitutes for the Function of the Catalytic Base 著者: Burmeister, W.P. / Cottaz, S. / Rollin, P. / Vasella, A. / Henrissat, B. #1: ![]() タイトル: The Crystal Structures of Sinapis Alba Myrosinase and a Covalent Glycosyl-Enzyme Intermediate Provide Insights Into the Substrate Recognition and Active-Site Machinery of an S-Glycosidase 著者: Burmeister, W.P. / Cottaz, S. / Driguez, H. / Iori, R. / Palmieri, S. / Henrissat, B. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 261.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 209.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 436.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1011 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 M
#1: タンパク質 | 分子量: 57078.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|
-糖 , 4種, 9分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
---|---|
#3: 多糖 | beta-D-xylopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)- ...beta-D-xylopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 5種, 805分子 ![](data/chem/img/GOX.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-GOX / ( | ||||
---|---|---|---|---|---|
#7: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#8: 化合物 | ChemComp-SO4 / #9: 化合物 | ChemComp-GOL / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | ACTIVE SITE NUCLEOPHIL配列の詳細 | REFERENCE: THE SEQUENCE HAS BEEN DETERMINED FROM THE X-RAY DATA. NO CORRESPONDING SEQUENCE EXISTS ...REFERENCE: THE SEQUENCE HAS BEEN DETERMINED | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: ONLY THE LIGAND DIFFERS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HANGING DROP METHOD, 12 MG/ML PROTEIN IN 30 MM HEPES, PH 6.5, 0.05 % NAN3. PRECIPITANT 66% SAT. AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL PH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Burmeister, W.P., (1997) Structure (London), 5, 663. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月15日 / 詳細: BENT MULTILAYER, SAGITALLY FOCUSING CRYSTAL |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→17.4 Å / Num. obs: 141308 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Rsym value: 0.337 / % possible all: 73.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1E4M 解像度: 1.35→10 Å / SU B: 0.568 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: ANISOTROPIC INDIVIDUAL B-FACTOR REFINEMENT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.12 / Rfactor Rwork: 0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 1.42 Å / Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor obs: 0.186 |