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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e1v | ||||||
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タイトル | HUMAN CYCLIN DEPENDENT KINASE 2 COMPLEXED WITH THE INHIBITOR NU2058 | ||||||
![]() | CYCLIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE 2 | ||||||
![]() | PROTEIN KINASE / CELL CYCLE / PHOSPHORYLATION / CELL DIVISION / MITOSIS / INHIBITION | ||||||
機能・相同性 | ![]() Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich ...Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Endicott, J.A. / Noble, M.E.M. / Johnson, L.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of Novel Purine and Pyrimidine Cyclin-Dependent Kinase Inhibitors with Distinct Molecular Interactions and Tumor Cell Growth Inhibition Profiles. 著者: Arris, C.E. / Boyle, F.T. / Calvert, A.H. / Curtin, N.J. / Endicott, J.A. / Garman, E.F. / Gibson, A.E. / Golding, B.T. / Grant, S. / Griffin, R.J. / Jewsbury, P. / Johnson, L.N. / Lawrie, A. ...著者: Arris, C.E. / Boyle, F.T. / Calvert, A.H. / Curtin, N.J. / Endicott, J.A. / Garman, E.F. / Gibson, A.E. / Golding, B.T. / Grant, S. / Griffin, R.J. / Jewsbury, P. / Johnson, L.N. / Lawrie, A.M. / Newell, D.R. / Noble, M.E.M. / Sausville, E.A. / Schultz, R. / Yu, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34002.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH CYCLIN A OR CYCLIN E / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P24941, EC: 2.7.1.37 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CMG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.42 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4 詳細: PROTEIN AT 10MG/ML IN 15MM NACL, 10MM HEPES, PH7.4, MIXED WITH WELL BUFFER (50MM AMMONIUM ACETATE, 10% PEG4K, 0.1M HEPES PH 7.4) IN EQUAL VOLUMES, THEN VAPOUR DIFFUSION AGAINST WELL BUFFER. ...詳細: PROTEIN AT 10MG/ML IN 15MM NACL, 10MM HEPES, PH7.4, MIXED WITH WELL BUFFER (50MM AMMONIUM ACETATE, 10% PEG4K, 0.1M HEPES PH 7.4) IN EQUAL VOLUMES, THEN VAPOUR DIFFUSION AGAINST WELL BUFFER. CDK2 CRYSTALS WERE SOAKED FOR 20 HOURS IN A SOLUTION OF 0.5MM NU2058 IN 1X WELL BUFFER PREPARED FROM STOCKS 2X WELLBUFFER AND 10MM NU2058 IN 100% DMSO. |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Lawrie, A.M., (1997) Nature Struct. Biol., 4, 796. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DARESBURY / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 17940 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 84.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 42243 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HCK 解像度: 1.95→25 Å / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 36 - 43 WERE NOT MODELLED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→25 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |