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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dvr | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF A MUTANT ADENYLATE KINASE LIGATED WITH AN ATP-ANALOGUE SHOWING DOMAIN CLOSURE OVER ATP | ||||||
要素 | ADENYLATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE) / NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE / MYOKINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pre-replicative complex assembly / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleotide metabolic process / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / ATP metabolic process ...pre-replicative complex assembly / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleotide metabolic process / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / ATP metabolic process / mitochondrial intermembrane space / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.36 Å | ||||||
データ登録者 | Schlauderer, G.J. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Structure of a mutant adenylate kinase ligated with an ATP-analogue showing domain closure over ATP. 著者: Schlauderer, G.J. / Proba, K. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995 タイトル: Stability, Activity and Structure of Adenylate Kinase Mutants 著者: Spuergin, P. / Abele, U. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995 タイトル: High-Resolution Structures of Adenylate Kinase from Yeast Ligated with Inhibitor Ap5A, Showing the Pathway of Phosphoryl Transfer 著者: Abele, U. / Schulz, G.E. #3: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Movie of the Structural Changes During a Catalytic Cycle of Nucleoside Monophosphate Kinases 著者: Vonrhein, C. / Schlauderer, G.J. / Schulz, G.E. #4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1987 タイトル: The C-DNA Sequence Encoding Cytosolic Adenylate Kinase from Baker'S Yeast (Saccharomyces Cerevisiae) 著者: Proba, K. / Tomasselli, A.G. / Nielsen, P. / Schulz, G.E. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Structure of the Complex of Yeast Adenylate Kinase with the Inhibitor Ap5A at 2.6 Angstroms Resolution 著者: Egner, U. / Tomasselli, A.G. / Schulz, G.E. #6: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1986 タイトル: The Complete Amino Acid Sequence of Adenylate Kinase from Baker'S Yeast 著者: Tomasselli, A.G. / Mast, E. / Janes, W. / Schiltz, E. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE HELIX AND SHEET ASSIGNMENTS BELOW ARE AUTOMATIC WITH PROGRAM DSSP. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dvr.cif.gz | 100.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dvr.ent.gz | 77.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dvr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dvr_validation.pdf.gz | 994.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dvr_full_validation.pdf.gz | 1005 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dvr_validation.xml.gz | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dvr_validation.cif.gz | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/1dvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/1dvr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 92 / 2: CIS PROLINE - PRO B 92 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.489945, -0.809503, -0.323511), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24008.525 Da / 分子数: 2 / 変異: D89V, R165I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 細胞内の位置: CYTOSOL / プラスミド: PUAKYI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P07170, adenylate kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→10 Å / Num. obs: 15793 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.058 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.36→10 Å / σ(F): 0 詳細: RESIDUES SER 166 - ASN 169 IN CHAIN HAVE WEAK DENSITY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |