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- PDB-1duh: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSERVED DOMAIN IV OF E. COLI 4.5S RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1duh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSERVED DOMAIN IV OF E. COLI 4.5S RNA
要素4.5S RNA DOMAIN IV
キーワードRNA / 4.5S RNA / DOMAIN IV / HELIX 8 / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE / SRP / FFH / SRP54 / ELONGATION FACTOR G / EF-G / 23S RNA / NON-CANONICAL BASE PAIRS / MISMATCH
機能・相同性: / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jovine, L. / Hainzl, T. / Oubridge, C. / Scott, W.G. / Li, J. / Sixma, T.K. / Wonacott, A. / Skarzynski, T. / Nagai, K.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the ffh and EF-G binding sites in the conserved domain IV of Escherichia coli 4.5S RNA.
著者: Jovine, L. / Hainzl, T. / Oubridge, C. / Scott, W.G. / Li, J. / Sixma, T.K. / Wonacott, A. / Skarzynski, T. / Nagai, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the conserved domain IV of E. coli 4.5S RNA
著者: Jovine, L. / Hainzl, T. / Oubridge, C. / Nagai, K.
履歴
登録2000年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4.5S RNA DOMAIN IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0555
ポリマ－14,6641
非ポリマー3914
水1086
1
A: 4.5S RNA DOMAIN IV
ヘテロ分子

A: 4.5S RNA DOMAIN IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,11010
ポリマ－29,3272
非ポリマー7838
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.697, 69.697, 84.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3221

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要素

#1: RNA鎖 4.5S RNA DOMAIN IV


分子量: 14663.736 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN IV / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA SEQUENCE TAKEN FROM ESCHERICHIA COLI 4.5S RNA. THE RNA WAS PRODUCED BY T7 RNA POLYMERASE IN VITRO TRANSCRIPTION USING RIBOZYME TECHNOLOGY
参照: EMBL: X01074
#2: 化合物 ChemComp-LU / LUTETIUM (III) ION / LU


分子量: 174.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Lu
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.9 %
結晶化温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: CRYSTALLIZED FROM 1.60-1.90 M (NH4)2SO4, 0.09 M MAGNESIUM ACETATE, 0.05 M SODIUM CACODYLATE PH 6.0, AT 303 K. CRYSTALS WERE STABILISED AT 292 K IN A SOLUTION OF 2.20 M (NH4)2SO4, 0.01 M ...詳細: CRYSTALLIZED FROM 1.60-1.90 M (NH4)2SO4, 0.09 M MAGNESIUM ACETATE, 0.05 M SODIUM CACODYLATE PH 6.0, AT 303 K. CRYSTALS WERE STABILISED AT 292 K IN A SOLUTION OF 2.20 M (NH4)2SO4, 0.01 M MGCL2, 0.05 M BIS-TRIS-HCL PH 6.0. SOAK CONDITIONS: CRYSTALS WERE SOAKED IN STABILISATION SOLUTION CONTAINING 0.002 M LUTETIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE. CRYOPROTECTION CONDITIONS: AFTER ADDITION OF 20% GLYCEROL (W/V) TO THE SOAK SOLUTION, CRYSTALS WERE FLASH-FROZEN IN LIQUID NITROGEN., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303.15K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MAGNESIUM ACETATE11
2SODIUM CACODYLATE11
3BIS-TRIS-HCL11
4(NH4)2SO411
5MGCL211
6LUCL311
7(NH4)2SO412
8BIS-TRIS-HCL12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.6-1.8 Mammonium sulfate1reservoir
290 mM1reservoirMg(OAc)2
350 mMNa cacodylate1reservoir
42 mM1reservoirCoNH36
51
61
71
81

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.0302, 1.3366, 1.3369, 0.9968, 1.3359
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03021
21.33661
31.33691
40.99681
51.33591
反射解像度: 2.7→22.5 Å / Num. all: 12371 / Num. obs: 12371 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 100.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 154595
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→22.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1101782.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: PARKINSON ET AL.
詳細: A LOW RESOLUTION LIMIT OF 8.0 A WAS USED FOR INITIAL B FACTOR AND BULK SOLVENT CORRECTIONS. NUCLEOTIDE A39 WAS REFINED WITH OCCUPANCY OF 0.5 TO ACCOUNT FOR ITS ALTERNATIVELY ORDERED AND ...詳細: A LOW RESOLUTION LIMIT OF 8.0 A WAS USED FOR INITIAL B FACTOR AND BULK SOLVENT CORRECTIONS. NUCLEOTIDE A39 WAS REFINED WITH OCCUPANCY OF 0.5 TO ACCOUNT FOR ITS ALTERNATIVELY ORDERED AND DISORDERED CONFORMATION IN ADJACENT MOLECULES WITHIN THE CRYSTAL. THE APPARENT DISCREPANCY BETWEEN DATA COMPLETENESS IN SCALING AND REFINEMENT IS DUE TO THE VERY HIGH ANISOTROPY OF THE CRYSTAL DIFFRACTION, SO THAT, ALTHOUGH DATA COVERAGE WAS COMPLETE UP TO 2.70 A RESOLUTION, A SIGNIFICANT PROPORTION OF REFLECTIONS AT HIGH RESOLUTION WERE EXTINCT. THIS RESULTS IN THE HIGH R SYM IN THE OUTER SHELL, AND THE LOWER EFFECTIVE DATA COMPLETENESS DURING REFINEMENT (EXTINCT REFLECTIONS WERE OMITTED BY CNS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 909 8.6 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.271 12560 --
obs0.244 10539 83.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.81 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-26.51 Å221.46 Å20 Å2
2--26.51 Å20 Å2
3----53.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.9 Å0.92 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→22.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 970 12 6 988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree error% reflection obs (%)
2.7-2.820.531865.50.5318580.05760
2.82-2.970.4371066.80.43710220.04272.3
2.97-3.160.3641197.50.36311500.03380.4
3.16-3.40.3121177.50.31212920.02989.7
3.4-3.740.25110870.25112870.02489.9
3.74-4.290.2291328.40.22912950.0291.1
4.29-5.40.1761147.20.17614170.01697
5.4-60.360.15412580.15513000.01490.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA_RNA_REP+.PARAMDNA_RNA+.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION_REP+.PARAMION+.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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