PDB-1dsr: Peptide antibiotic, NMR, 6 structures

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dsr

タイトル

Peptide antibiotic, NMR, 6 structures

要素

RAMOPLANIN A2

キーワード

ANTIBIOTIC / RAMOPLANIN / INHIBITOR / GLYCOLIPODESPSIPEPTIDE

機能・相同性

RAMOPLANIN A2 / (2Z,4E)-7-methylocta-2,4-dienoic acid / :

機能・相同性情報

生物種

ACTINOPLANES SP. (バクテリア)

手法

溶液NMR

データ登録者

Kurz, M. / Guba, W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: 3D Structure of Ramoplanin: A Potent Inhibitor of Bacterial Cell Wall Synthesis.
著者: Kurz, M. / Guba, W.

履歴

登録	1996年7月5日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月14日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年7月27日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.4	2012年12月12日	Group: Other
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dsr.cif.gz	43.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dsr.ent.gz	30.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dsr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dsr_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dsr_full_validation.pdf.gz	485.3 KB	表示
XML形式データ	1dsr_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	1dsr_validation.cif.gz	7.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1dsr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1dsr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5z31-d 1mtq-d 2lke-d 2djc-d 6dzc-d 1s4t-d 2f3a-d 6o8r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RAMOPLANIN A2

A: (2Z,4E)-7-methylocta-2,4-dienoic acid

ヘテロ分子

2.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	6 / 450	ENERGY MINIMIZED SNAPSHOT EVERY 75 PS
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド

RAMOPLANIN A2 / A-166686 / MDL 62 / 198)

タイプ: Lipoglycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 2111.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: RAMOPLANIN A2 IS A CYCLIC HEPTADECAMER LIPOGLYCODEPSIPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTA CYCLIC PEPTIDE GLYCOSYLATED BY ONE DISACCHARIDE AND A FATTY ACID AT THE N-TERM.
由来: (天然)

ACTINOPLANES SP. (バクテリア) / 株: ATCC 33076 / 参照: NOR: NOR00844, RAMOPLANIN A2

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose / 2alpha-alpha-mannobiose

タイプ: oligosaccharide, Lipoglycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RAMOPLANIN A2 IS A CYCLIC HEPTADECAMER LIPOGLYCODEPSIPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTA CYCLIC PEPTIDE GLYCOSYLATED BY ONE DISACCHARIDE AND A FATTY ACID AT THE N-TERM.
参照: RAMOPLANIN A2

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-FA7 / (2Z,4E)-7-methylocta-2,4-dienoic acid / (2Z,4E)-7-メチル-2,4-オクタジエン酸

タイプ: Lipoglycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 154.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄O₂
詳細: RAMOPLANIN A2 IS A CYCLIC HEPTADECAMER LIPOGLYCODEPSIPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTA CYCLIC PEPTIDE GLYCOSYLATED BY ONE DISACCHARIDE AND A FATTY ACID AT THE N-TERM.
参照: RAMOPLANIN A2

構成要素の詳細

RAMOPLANIN IS A CYCLIC LIPOGLYCOPEPTIDE. HERE, RAMOPLANIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE ...

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実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: NOESY

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試料調製

試料状態	pH: 4.6 / 温度: 313 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: ENERGY MINIMIZED SNAPSHOT EVERY 75 PS 計算したコンフォーマーの数: 450 / 登録したコンフォーマーの数: 6

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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