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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1daj | ||||||
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タイトル | COMPARISON OF TERNARY COMPLEXES OF PNEUMOCYSTIS CARINII AND WILD TYPE HUMAN DIHYDROFOLATE REDUCTASE WITH COENZYME NADPH AND A NOVEL CLASSICAL ANTITUMOR FURO[2,3D]PYRIMIDINE ANTIFOLATE | ||||||
要素 | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pneumocystis carinii (ニューモシスチス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Gangjee, A. / Devraj, R. / Queener, S.F. / Blakley, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997 タイトル: Comparison of ternary complexes of Pneumocystis carinii and wild-type human dihydrofolate reductase with coenzyme NADPH and a novel classical antitumor furo[2,3-d]pyrimidine antifolate. 著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Gangjee, A. / Devraj, R. / Queener, S.F. / Blakley, R.L. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: The Structure of Pneumocystis Carinii Dihydrofolate Reductase to 1.9 A Resolution 著者: Champness, J.N. / Achari, A. / Ballantine, S.P. / Bryant, P.K. / Delves, C.J. / Stammers, D.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1daj.cif.gz | 58 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1daj.ent.gz | 41.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1daj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1daj_validation.pdf.gz | 530.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1daj_full_validation.pdf.gz | 550.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1daj_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1daj_validation.cif.gz | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/1daj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/1daj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23918.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pneumocystis carinii (ニューモシスチス) 遺伝子: C-DNA PNEUMOCYSTIS CARINII DHF / プラスミド: PT7-7 / 遺伝子 (発現宿主): C-DNA PNEUMOCYSTIS CARINII DHFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16184, dihydrofolate reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MOT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月14日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 5958 / % possible obs: 65.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.09 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→8 Å /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROFFT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |