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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d54 | ||||||||||||||||||
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タイトル | ANTHRACYCLINE BINDING TO DNA: HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF D(TGTACA) COMPLEXED WITH 4'-EPIADRIAMYCIN | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | 4'-EPIDOXORUBICIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.4 Å | データ登録者 | Leonard, G.A. / Brown, T. / Hunter, W.N. | 引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1992 | タイトル: Anthracycline binding to DNA. High-resolution structure of d(TGTACA) complexed with 4'-epiadriamycin. 著者: Leonard, G.A. / Brown, T. / Hunter, W.N. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d54.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d54.ent.gz | 8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d54_validation.pdf.gz | 714.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d54_full_validation.pdf.gz | 717.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d54_validation.xml.gz | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d54_validation.cif.gz | 4.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/1d54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/1d54 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1808.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM6 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. all: 11022 / Num. obs: 5644 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / Num. measured all: 11022 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.4→7 Å / σ(F): 3 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |