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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d32 | ||||||||||||||||||
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タイトル | DRUG-INDUCED DNA REPAIR: X-RAY STRUCTURE OF A DNA-DITERCALINIUM COMPLEX | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | DITERCALINIUM / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | データ登録者 | Gao, Q. / Williams, L.D. / Egli, M. / Rabinovich, D. / Chen, S.-L. / Quigley, G.J. / Rich, A. | 引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991 タイトル: Drug-induced DNA repair: X-ray structure of a DNA-ditercalinium complex. 著者: Gao, Q. / Williams, L.D. / Egli, M. / Rabinovich, D. / Chen, S.L. / Quigley, G.J. / Rich, A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: DNA-Ditercalinium Interactions: Implications for Recognition of Damaged DNA 著者: Williams, L.D. / Gao, Q. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d32.cif.gz | 17.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d32.ent.gz | 10.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d32.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/1d32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/1d32 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-DIT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 2211 / Observed criterion σ(F): 3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 2 Å / Observed criterion σ(F): 3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.7→2 Å / σ(F): 3 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Rfactor obs: 0.224 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |