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万見
- PDB-1d0t: SOLUTION STRUCTURE OF A PHOSPHOROTHIOATE MODIFIED RNA BINDING SIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d0t
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A PHOSPHOROTHIOATE MODIFIED RNA BINDING SITE FOR PHAGE MS2 COAT PROTEIN
要素PHOSPHOROTHIOATE SUBSTITUTED PHAGE MS2 RNA BINDING SITE
キーワードRNA / RNA HAIRPIN / PHOSPHOROTHIOATE / THIOPHOSPHATE / BULGED BASE / STEM-LOOP
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics refinement
Model type detailsminimized average
データ登録者Smith, J.S. / Nikonowicz, E.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Phosphorothioate substitution can substantially alter RNA conformation.
著者: Smith, J.S. / Nikonowicz, E.P.
履歴
登録1999年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOROTHIOATE SUBSTITUTED PHAGE MS2 RNA BINDING SITE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8091
ポリマ－6,8091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 PHOSPHOROTHIOATE SUBSTITUTED PHAGE MS2 RNA BINDING SITE


分子量: 6809.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Transcription by T7 RNA ploymerase using 5'-a-thio-ATP

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N-separated NOESY
2323D 15N-separated NOESY
242DQF-COSY
25231P-1H HETCOR
2622D 13C-filtered NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using standard 2D homonuclear and 2D/3D heteronuclear techniques. Filtered experiments used to identify inter-residue NOEs involving unlabeled A residues

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.0 mM replicase operator RNA U-15N,13C at U, C, and G, unlabeled A; phosphorothioate 5' to each adenine;; 10 mM KPi buffer; 10 mM NaCl; 0.2 mM EDTA90% H2O/10% D2O
22.0 mM replicase operator RNA U-15N,13C at U, C, and G, unlabeled A; phosphorothioate 5' to each adenine;; 10 mM KPi buffer; 10 mM NaCl; 0.2 mM EDTA100% D2O
試料状態イオン強度: ~50mM / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UXNMR1994Spectraspincollection
Felix1998Biosym-MSI解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics refinement / ソフトェア番号: 1
詳細: structures were calculated using 313 conformationally restrictive NOE distance constraints (i.e., intra-residue sugar-sugar NOEs are not included), 20 H-bond base pair constraints, 30 ...詳細: structures were calculated using 313 conformationally restrictive NOE distance constraints (i.e., intra-residue sugar-sugar NOEs are not included), 20 H-bond base pair constraints, 30 backbone dihedral restraints, and dihedral restraints to restrict sugar pucker conformation. Parameter file was modified to incorporate bond-length, bond-angle, charge, van der Waal's radius for the Rp phosphoryl sulfur atoms located 5' to each adenine in the sequence. [Jaroszewski, JW., et al., Anti-Cancer Drug Design ( 1992) 7, 253; Florian, J. et al., J. Am. Chem. Soc. (1998) 120, 7959].
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations, ...コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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