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- PDB-1cml: CHALCONE SYNTHASE FROM ALFALFA COMPLEXED WITH MALONYL-COA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cml
タイトルCHALCONE SYNTHASE FROM ALFALFA COMPLEXED WITH MALONYL-COA
要素PROTEIN (CHALCONE SYNTHASE)
キーワードTRANSFERASE / POLYKETIDE SYNTHASE / CHALCONE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


chalcone biosynthetic process / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like ...Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONYL-COENZYME A / Chalcone synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Ferrer, J.-L. / Jez, J. / Bowman, M.E. / Dixon, R. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure of chalcone synthase and the molecular basis of plant polyketide biosynthesis.
著者: Ferrer, J.L. / Jez, J.M. / Bowman, M.E. / Dixon, R.A. / Noel, J.P.
履歴
登録1999年3月30日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42021年11月3日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CHALCONE SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9754
ポリマ－42,7231
非ポリマー1,2523
水7,188399
1
A: PROTEIN (CHALCONE SYNTHASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (CHALCONE SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9508
ポリマ－85,4462
非ポリマー2,5046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557y,x,-z+21
Buried area10630 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area26070 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.768, 97.768, 65.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-393-

HOH

21A-417-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CHALCONE SYNTHASE) / CHS


分子量: 42723.219 Da / 分子数: 1 / 変異: C164A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
組織: 21 DAY OLD ROOT NODULE / プラスミド: PET28B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30074, chalcone synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MLC / MALONYL-COENZYME A / マロニルCoA


分子量: 853.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H38N7O19P3S
#4: 化合物 ChemComp-PIN / PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) / PIPES / 1,4-PIPERAZINEDIETHANESULFONIC ACID / PIPES


分子量: 302.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O6S2 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細APPEARS DECARBOXYLATED IN THE DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 mg/mlprotein1drop
22.2-2.4 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MPIPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2000 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月1日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→84.52 Å / Num. obs: 39507 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.16 % / Rsym value: 0.026 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.69→1.73 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Rsym value: 0.089 / % possible all: 83.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.69 Å / 最低解像度: 84.52 Å / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.16 % / Rmerge(I) obs: 0.026
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.69 Å / 最低解像度: 1.73 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4(REFMAC+ARPP)モデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(ARPP)位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB ENTRY 1BI5

1bi5


解像度: 1.69→84.52 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1975 5 %RANDOM
Rwork0.1667 ---
obs-39507 97.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→84.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2994 0 77 399 3470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.141
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.69 Å / 最低解像度: 84.52 Å / Rfactor obs: 0.177 / Rfactor Rfree: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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