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- PDB-1by5: FHUA FROM E. COLI, WITH ITS LIGAND FERRICHROME -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1by5
タイトルFHUA FROM E. COLI, WITH ITS LIGAND FERRICHROME
要素
  • FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE PROTEIN
  • FERRICHROME
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / FHUA / MEMBRANE PROTEIN / LIGAND-GATED / IRON TRANSPORT / FERRICHROME
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transmembrane transport / : / siderophore uptake transmembrane transporter activity / virion binding / toxic substance binding / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / signaling receptor activity / intracellular iron ion homeostasis / membrane => GO:0016020 ...siderophore transmembrane transport / : / siderophore uptake transmembrane transporter activity / virion binding / toxic substance binding / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / signaling receptor activity / intracellular iron ion homeostasis / membrane => GO:0016020 / iron ion binding / protein domain specific binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor-like / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. ...TonB-dependent receptor-like / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE / Ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor / Ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Ustilago sphaerogena (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Locher, K.P. / Rees, B. / Koebnik, R. / Mitschler, A. / Moulinier, L. / Rosenbusch, J.P. / Moras, D.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Transmembrane signaling across the ligand-gated FhuA receptor: crystal structures of free and ferrichrome-bound states reveal allosteric changes.
著者: Locher, K.P. / Rees, B. / Koebnik, R. / Mitschler, A. / Moulinier, L. / Rosenbusch, J.P. / Moras, D.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997
タイトル: Oligomeric States and Siderophore-Binding of the Ligand-Gated Fhua-Protein Forming Channels Across E. Coli Outer Membranes
著者: Locher, K.P. / Rosenbusch, J.P.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1980
タイトル: Crystal Structure of Ferrichrome and a Comparison with the Structure of Ferrichrome A
著者: Van Der Helm, D. / Baker, J.R. / Eng-Wilmot, D.L. / Hossain, M.B. / Loghry, R.A.
履歴
登録1998年10月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE PROTEIN
B: FERRICHROME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,34111
ポリマ－79,6352
非ポリマー1,7079
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.200, 89.400, 89.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE PROTEIN / FHUA


分子量: 78929.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: FHUA_ECOLI, UniProt: P06971*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド FERRICHROME


分子量: 705.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ustilago sphaerogena (菌類)
#3: 化合物
ChemComp-OES / N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE


分子量: 206.345 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O2S
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN B IS A CYCLIC PEPTIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化pH: 6.2 / 詳細: pH 6.2
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: protein solution is mixed in a 1:2 ratio with well solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112.3 mg/mlprotein1drop
233 %PEG20001reservoir
30.45 M1reservoirNaCl
40.15 M1reservoirNaPi
50.5 %n-octyl-2-hydroxyethyl-sulfoxide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9998
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→30 Å / Num. obs: 30766 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 61.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS0.4精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high rms absF: 1572333.99 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELYHOOD USING AMPLITUDES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1446 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.184 28508 89.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.1 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å216.86 Å2
2---7.89 Å20 Å2
3---9.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-4.5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5501 0 105 143 5749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.981.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.52.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 211 5.5 %
Rwork0.259 3654 -
obs--85.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMC8E.TOP
X-RAY DIFFRACTION3C8E.PARORN.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ORN.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 53 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.288 / % reflection Rfree: 5.5 % / Rfactor Rwork: 0.259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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