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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bx6 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE POTENT NATURAL PRODUCT INHIBITOR BALANOL IN COMPLEX WITH THE CATALYTIC SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE | ||||||
要素 | CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASEプロテインキナーゼA | ||||||
キーワード | SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / BALANOL / CONFORMATIONAL CHANGES / INHIBITION (酵素阻害剤) / PROTEIN KINASE PKA / SERINE-THREONINE-PROTEIN KINASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / Mitochondrial protein degradation / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins ...spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / Mitochondrial protein degradation / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Regulation of insulin secretion / GPER1 signaling / Hedgehog 'off' state / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / RET signaling / Ion homeostasis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of cellular respiration / regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / プロテインキナーゼA / cellular response to cold / 受精能獲得 / regulation of osteoblast differentiation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base / cAMP-dependent protein kinase complex / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / AMP-activated protein kinase activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A regulatory subunit binding / axoneme / plasma membrane raft / mesoderm formation / sperm flagellum / negative regulation of smoothened signaling pathway / regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / sperm midpiece / negative regulation of TORC1 signaling / protein kinase A signaling / protein export from nucleus / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of protein export from nucleus / acrosomal vesicle / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 転写後修飾 / small GTPase binding / presynapse / cellular response to heat / manganese ion binding / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / 樹状突起スパイン / regulation of cell cycle / protein kinase activity / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Narayana, N. / Xuong, N.-H. / Ten Eyck, L.F. / Taylor, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of the potent natural product inhibitor balanol in complex with the catalytic subunit of cAMP-dependent protein kinase. 著者: Narayana, N. / Diller, T.C. / Koide, K. / Bunnage, M.E. / Nicolaou, K.C. / Brunton, L.L. / Xuong, N.H. / Ten Eyck, L.F. / Taylor, S.S. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: A Binary Complex of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase and Adenosine Further Defines Conformational Flexibility 著者: Narayana, N. / Cox, S. / Xuong, N.H. / Ten Eyck, L.F. / Taylor, S.S. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Crystal Structure of a Polyhistidine-Tagged Recombinant Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase Complexed with the Peptide Inhibitor Pki(5-24) and Adenosine 著者: Narayana, N. / Cox, S. / Shaltiel, S. / Taylor, S.S. / Xuong, N.H. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase Complexed with Mgatp and Peptide Inhibitor 著者: Zheng, J. / Knighton, D.R. / Ten Eyck, L.F. / Karlsson, R. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M. #4: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1993 タイトル: Expression of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase in Escherichia Coli: Multiple Isozymes Reflect Different Phosphorylation States 著者: Herberg, F.W. / Bell, S.M. / Taylor, S.S. #5: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Cyclic Adenosine Monophosphate-Dependent Protein Kinase 著者: Knighton, D.R. / Zheng, J.H. / Ten Eyck, L.F. / Ashford, V.A. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M. #6: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: Structure of a Peptide Inhibitor Bound to the Catalytic Subunit of Cyclic Adenosine Monophosphate-Dependent Protein Kinase 著者: Knighton, D.R. / Zheng, J.H. / Ten Eyck, L.F. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bx6.cif.gz | 89.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bx6.ent.gz | 69.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bx6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bx6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1bkxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40737.297 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05132, EC: 2.7.1.37 |
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#2: 化合物 | ChemComp-BA1 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年6月23日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 20045 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 65 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.095 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BKX 解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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溶媒の処理 | Bsol: 990.5 Å2 / ksol: 0.7 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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