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- PDB-1bu5: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE DESULFOVIBRIO VULGARIS (HILDENBORO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bu5
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE DESULFOVIBRIO VULGARIS (HILDENBOROUGH) APOFLAVODOXIN-RIBOFLAVIN COMPLEX
要素PROTEIN (FLAVODOXIN)
キーワードELECTRON TRANSPORT / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily ...Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBOFLAVIN / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Walsh, M.A. / Mccarthy, A. / O'Farrell, P.A. / Mccardle, P. / Cunningham, P.D. / Mayhew, S.G. / Higgins, T.M.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: X-ray crystal structure of the Desulfovibrio vulgaris (Hildenborough) apoflavodoxin-riboflavin complex.
著者: Walsh, M.A. / McCarthy, A. / O'Farrell, P.A. / McArdle, P. / Cunningham, P.D. / Mayhew, S.G. / Higgins, T.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Comparison of the Crystal Structures of a Flavodoxin in its Three Oxidation States at Cryogenictemperatures
著者: Watt, W. / Tulinsky, A. / Swenson, R.P. / Watenpaugh, K.D.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Cloning, Nucleotide Sequence, and Expression of the Flavodoxin Gene from Desulfovibrio Vulgaris (Hildenborough)
著者: Krey, G.D. / Vanin, E.F. / Swenson, R.P.
#3: ジャーナル: Fems Microbiol.Lett. / 年: 1988
タイトル: Cloning and Sequencing of the Gene Encoding Flavodoxin from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough
著者: Curley, G.P. / Voordouw, G.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1973
タイトル: The Binding of Riboflavin-5-Phosphate in a Flavoprotein. Flavodoxin at 2.0- Angstroms Resolution
著者: Watenpaugh, K.D. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1972
タイトル: Structure of the Oxidized Form of a Flavodoxin at 2.5-Angstroms Resolution. Resolution of the Phase Ambiguity by Anomalous Scattering
著者: Watenpaugh, K.D. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Legall, J. / Dubourdieu, M.
履歴
登録1998年9月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FLAVODOXIN)
B: PROTEIN (FLAVODOXIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3536
ポリマ－31,4082
非ポリマー9454
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.380, 62.310, 77.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.38919, -0.92107, 0.01285), (0.92109, -0.38896, 0.01745), (-0.01108, 0.01862, 0.99977)
ベクター: 54.31591, -40.74148, -22.5735)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (FLAVODOXIN)


分子量: 15704.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P00323
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2


分子量: 376.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 7
詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION FROM TRIALS WITH AMMONIUM SULPHATE IN THE CONCENTRATION RANGE 60-80% SATURATION IN 50MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 8.0 ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION FROM TRIALS WITH AMMONIUM SULPHATE IN THE CONCENTRATION RANGE 60-80% SATURATION IN 50MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 8.0 CONTAINING 1MM EDTA WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 10-15MG/ML. CRYSTALS APPEAR OVER 1-3 DAYS., pH 7.0
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
160-80 %satammonium sulfate1drop
250 mMsodium phosphate1drop
31 mMEDTA1drop
410-15 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→20 Å / Num. obs: 26539 / % possible obs: 79.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 83.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 72050
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CCP4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WILD TYPE FLAVODOXIN COORDINATES NOT DEPOSITED [M.A.WALSH PH.D THESIS NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND (1994)] BUT ESSENTIALLY IDENTICAL TO PDB ENTRY 2FX2

2fx2


解像度: 1.83→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2037 0.08 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.169 26539 81 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.1 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2208 0 64 197 2469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0480.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0480.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.184
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.45
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.86
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it10.38
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.170.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.230.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.33
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.1815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor25.4620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: CCP4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 0.08 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.17
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it43.18
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it66.8
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it54.4
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it810.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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