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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1btx | ||||||
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タイトル | Episelection: Novel Ki ~Nanomolar Inhibitors of Serine Proteases Selected by Binding or Chemistry on an Enzyme Surface | ||||||
要素 | BETA-TRYPSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TRIPEPTIDEBORONATE ETHYL ESTER INHIBITED / SERINE PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Stroud, R.M. / Katz, B.A. / Finer-Moore, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Episelection: novel Ki approximately nanomolar inhibitors of serine proteases selected by binding or chemistry on an enzyme surface. 著者: Katz, B.A. / Finer-Moore, J. / Mortezaei, R. / Rich, D.H. / Stroud, R.M. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1992 タイトル: Solvent Structure in Crystals of Trypsin Determined by X-Ray and Neutron Diffraction 著者: Finer-Moore, J.S. / Kossiakoff, A. / Hurley, J.H. / Earnest, T. / Stroud, R.M. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 1991 タイトル: 1.59 Angstrom Structure of Trypsin at 120K: Comparison of Low Temperature and Room Temperature Structures 著者: Earnest, T. / Fauman, E. / Craik, C.S. / Stroud, R.M. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1977 タイトル: Difference Fourier Refinement of the Structure of Dip-Trypsin at 1.5 Angstroms Using a Minicomputer Technique 著者: Chambers, J.L. / Stroud, R.M. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974 タイトル: Structure and Specific Binding of Trypsin, Comparison of Inhibited Derivatives and a Model for Substrate Binding 著者: Krieger, M. / Kay, L.M. / Stroud, R.M. #5: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972 タイトル: The Crystal and Molecular Structure of Dip-Inhibited Bovine Trypsin at 2.7 Angstroms Resolution 著者: Stroud, R.M. / Kay, L.M. / Dickerson, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1btx.cif.gz | 74.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1btx.ent.gz | 60.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1btx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1btx_validation.pdf.gz | 493.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1btx_full_validation.pdf.gz | 498.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1btx_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1btx_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/1btx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/1btx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24012.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin |
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#2: 化合物 | ChemComp-0ZX / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | THE INHIBITOR WAS SYNTHESIZED AS THE PINANEDIOL DIESTER P-TOLUENESULFONATE SALT. THE ETHYL ESTER ...THE INHIBITOR WAS SYNTHESIZE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 % | ||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8.15 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used seeding | ||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 10174 / % possible obs: 40.6 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. measured all: 15280 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→8 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.14 / Rfactor Rwork: 0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |