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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bt5 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE IMIPENEM INHIBITED TEM-1 BETA-LACTAMASE FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | PROTEIN (BETA-LACTAMASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / BETA-LACTAM DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Maveyraud, L. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D. / Guillet, V. / Kotra, L.K. / Mobashery, S. / Samama, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998 タイトル: Structural Basis for Clinical Longevity of Carbapenem Antibiotics in the Face of Challenge by the Common Class A Beta-Lactamases from Antibiotic-Resistant Bacteria 著者: Maveyraud, L. / Mourey, L. / Kotra, L.P. / Pedelacq, J.D. / Guillet, V. / Mobashery, S. / Samama, J.P. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of Escherichia Coli Tem1 Beta-Lactamase at 1.8 A Resolution 著者: Jelsch, C. / Mourey, L. / Masson, J.M. / Samama, J.P. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Data on Escherichia Coli Tem1 Beta-Lactamase 著者: Jelsch, C. / Lenfant, F. / Masson, J.M. / Samama, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bt5.cif.gz | 75.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bt5.ent.gz | 55.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bt5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/1bt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/1bt5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28984.076 Da / 分子数: 1 / 変異: V82I, A182V / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ESTER LINK BETWEEN SER A 70 OG AND IM2 350 C7 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: PERIPLASMIC / 遺伝子: BLA / Variant: V82I, A182V / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-IM2 / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 % |
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8 |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Jelsch, C., (1992) J. Mol. Biol., 223, 377. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.1271 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1271 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→18 Å / Num. obs: 21770 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 12.13 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Rsym value: 0.116 / % possible all: 96.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 84646 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.8 % / Rmerge(I) obs: 0.116 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.8→18 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: EXTERNAL BULK SOLVENT CORRECTION COMPUTED WITH XPLOR 3.1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→18 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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