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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bs1 | ||||||
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タイトル | DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH DETHIOBIOTIN, ADP , INORGANIC PHOSPHATE AND MAGNESIUM | ||||||
![]() | PROTEIN (DETHIOBIOTIN SYNTHETASE) | ||||||
![]() | LIGASE / BIOTIN BIOSYNTHESIS / ALUMINUM FLOURIDE / ATP-BINDING / PHOSPHORYL TRANSFER | ||||||
機能・相同性 | ![]() dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Kaeck, H. / Sandmark, J. / Gibson, K.J. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of two quaternary complexes of dethiobiotin synthetase, enzyme-MgADP-AlF3-diaminopelargonic acid and enzyme-MgADP-dethiobiotin-phosphate; implications for catalysis. 著者: Kack, H. / Sandmark, J. / Gibson, K.J. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. #1: ![]() タイトル: Snapshot of a Phosphorylated Substrate Intermediate by Kinetic Crystallography 著者: Kaeck, H. / Gibson, K.J. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of an ATP-Dependent Carboxylase, Dethiobiotin Synthetase, at 1.65 A Resolution 著者: Huang, W. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Gibson, K.J. / Flint, D. / Lorimer, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24028.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ADP / | #4: 化合物 | ChemComp-DAA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 17605 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 11 / Rsym value: 0.093 / % possible all: 88.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 58273 / Rmerge(I) obs: 0.042 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 88.3 % / Rmerge(I) obs: 0.093 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 10.6 Å2 |