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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bq9 | ||||||
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タイトル | Rubredoxin (Formyl Methionine Mutant) from Pyrococcus Furiosus | ||||||
要素 | PROTEIN (RUBREDOXIN) | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / IRON-SULFUR PROTEIN (鉄硫黄タンパク質) / HIGH-RESOLUTION STRUCTURE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bau, R. / Rees, D.C. / Kurtz, D.M. / Scott, R.A. / Huang, H. / Adams, M.W.W. / Eidsness, M.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.BIOL.INORG.CHEM. / 年: 1998 タイトル: Crystal Structure of Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 0.95 Angstroms Resolution, and the structures of N-terminal methionine and formylmethionine variants of Pf Rd. Contributions ...タイトル: Crystal Structure of Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 0.95 Angstroms Resolution, and the structures of N-terminal methionine and formylmethionine variants of Pf Rd. Contributions of N-terminal interactions to thermostability 著者: Bau, R. / Rees, D.C. / Kurtz, D.M. / Scott, R.A. / Huang, H. / Adams, M.W.W. / Eidsness, M.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bq9.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bq9.ent.gz | 17.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bq9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/1bq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/1bq9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6059.738 Da / 分子数: 1 / 変異: FMET INSERTED IN N-TERMINAL POSITION / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) 解説: PRODUCT OF A SYNTHETIC PF RD GENE / Variant: FMET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24297 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | FME IS IN HET DICTIONARY |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.49 % / 解説: KNOWN STRUCTURE (SEE TEXT) | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.6M NA,K PHOSPHATE, pH 8.5, vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used macroseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS X-1000 / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 15400 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.4 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / % possible all: 83.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 87169 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 1.2→50 Å / Num. parameters: 4664 / Num. restraintsaints: 5076 / σ(F): 0 詳細: ANISOTROPIC C,N,O,S,FE ATOMS B23 (A**2) : ESTIMATED OVERALL COORDINATE ERROR.
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Refine analyze | Num. disordered residues: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-93 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 1559 / Rfactor Rwork: 0.137 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |