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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bm6 | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN STROMELYSIN-1 COMPLEXED TO A POTENT NON-PEPTIDIC INHIBITOR, NMR, 20 STRUCTURES | ||||||
要素 | STROMELYSIN-1 | ||||||
キーワード | METALLOPROTEASE / HYDROLASE / METZINCINS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stromelysin 1 / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / cellular response to nitric oxide ...stromelysin 1 / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / cellular response to nitric oxide / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of cell migration / EGFR Transactivation by Gastrin / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / cellular response to amino acid stimulus / protein catabolic process / positive regulation of protein-containing complex assembly / metalloendopeptidase activity / cellular response to reactive oxygen species / metallopeptidase activity / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / Extra-nuclear estrogen signaling / serine-type endopeptidase activity / innate immune response / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Li, Y. / Zhang, X. / Melton, R. / Ganu, V. / Gonnella, N.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Solution structure of the catalytic domain of human stromelysin-1 complexed to a potent, nonpeptidic inhibitor. 著者: Li, Y.C. / Zhang, X. / Melton, R. / Ganu, V. / Gonnella, N.C. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994 タイトル: The NMR Structure of the Inhibited Catalytic Domain of Human Stromelysin-1 著者: Gooley, P.R. / O'Connell, J.F. / Marcy, A.I. / Cuca, G.C. / Salowe, S.P. / Bush, B.L. / Hermes, J.D. / Esser, C.K. / Hagmann, W.K. / Springer, J.P. / Johnson, B.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bm6.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bm6.ent.gz | 885.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bm6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bm6_validation.pdf.gz | 402 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bm6_full_validation.pdf.gz | 776.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bm6_validation.xml.gz | 195.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bm6_validation.cif.gz | 251.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/1bm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/1bm6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 19416.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PRO-SFSTR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN STROMELYSIN-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P08254, stromelysin 1 |
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-非ポリマー , 5種, 7分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HAV / | #5: 化合物 | ChemComp-3MP / | #6: 化合物 | ChemComp-MSB / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY USING 13C,15N STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN. |
-試料調製
試料状態 | pH: 6.8 / 温度: 310 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX600 / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
ソフトウェア |
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NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION, ENERGY MINIMIZATION 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |