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- PDB-1be4: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE ISOFORM B FROM BOVINE RETINA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1be4
タイトルNUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE ISOFORM B FROM BOVINE RETINA
要素NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Ribavirin ADME / Azathioprine ADME / DNA nuclease activity / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ribosomal small subunit binding ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Ribavirin ADME / Azathioprine ADME / DNA nuclease activity / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ribosomal small subunit binding / lactation / 3'-5' exonuclease activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / ruffle membrane / endocytosis / nervous system development / cell differentiation / early endosome / GTP binding / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / Nucleoside diphosphate kinase A 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ladner, J.E. / Abdulaev, N.G. / Kakuev, D.L. / Karaschuk, G.N. / Tordova, M. / Eisenstein, E. / Fujiwara, J.H. / Ridge, K.D. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Nucleoside diphosphate kinase from bovine retina: purification, subcellular localization, molecular cloning, and three-dimensional structure.
著者: Abdulaev, N.G. / Karaschuk, G.N. / Ladner, J.E. / Kakuev, D.L. / Yakhyaev, A.V. / Tordova, M. / Gaidarov, I.O. / Popov, V.I. / Fujiwara, J.H. / Chinchilla, D. / Eisenstein, E. / Gilliland, G.L. / Ridge, K.D.
履歴
登録1998年5月19日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6086
ポリマ－51,5733
非ポリマー1,0363
水5,008278
1
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,21612
ポリマ－103,1456
非ポリマー2,0716
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area20330 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area32780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.610, 128.610, 88.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE TRANSFERASE


分子量: 17190.844 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: RETINA / 器官: EYE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52175, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 345.205 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.19 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drops were formed by combining equal volumes of protein solution and reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5 mMcGMP1drop
2100 mmTris-HCl1reservoir
32.3 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年3月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 30274 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 60
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.109
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NSK

1nsk


解像度: 2.4→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL
詳細: X-PLOR SIMULATED ANNEALING, SLOW COOLING, POSITIONAL AND B-FACTOR REFINEMENT WAS USED WITH 10% OF THE DATA RESERVED FOR R-FREE. R-FREE WENT FROM 0.398 - 0.366 WHILE THE WORKING R WENT TO 0. ...詳細: X-PLOR SIMULATED ANNEALING, SLOW COOLING, POSITIONAL AND B-FACTOR REFINEMENT WAS USED WITH 10% OF THE DATA RESERVED FOR R-FREE. R-FREE WENT FROM 0.398 - 0.366 WHILE THE WORKING R WENT TO 0.259. THEN TNT WAS USED FOR THE FINAL REFINEMENT WITHOUT R-FREE.
Rfactor反射数%反射
all0.198 26318 -
obs-26318 89 %
溶媒の処理Bsol: 283.9 Å2 / ksol: 0.809 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3621 0 69 278 3968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02437771.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5.5350701.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.86222560
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.024931.8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0265375.8
X-RAY DIFFRACTIONt_it11.27436991
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.06216210
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.026 / Weight: 5.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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