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- PDB-1b5q: A 30 ANGSTROM U-SHAPED CATALYTIC TUNNEL IN THE CRYSTAL STRUCTURE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b5q
タイトルA 30 ANGSTROM U-SHAPED CATALYTIC TUNNEL IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF POLYAMINE OXIDASE
要素PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVIN-DEPENDENT AMINE OXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


polyamine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) / N8-acetylspermidine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) / spermine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / polyamine oxidase activity / polyamine catabolic process / spermine catabolic process / plant-type cell wall / apoplast / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / N,N'-BIS(2,3-BUTADIENYL)-1,4-BUTANE-DIAMINE / : / Polyamine oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Binda, C. / Coda, A. / Angelini, R. / Federico, R. / Ascenzi, P. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: A 30-angstrom-long U-shaped catalytic tunnel in the crystal structure of polyamine oxidase.
著者: Binda, C. / Coda, A. / Angelini, R. / Federico, R. / Ascenzi, P. / Mattevi, A.
履歴
登録1999年1月7日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
B: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
C: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,77312
ポリマ－161,0953
非ポリマー4,6779
水11,313628
1
C: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
ヘテロ分子

C: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
B: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
B: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,54524
ポリマ－322,1916
非ポリマー9,35418
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation6_654x-y+1,x,z-1/61
crystal symmetry operation8_665x-y+1,-y+1,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area32310 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area97510 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
ヘテロ分子

C: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1428
ポリマ－107,3972
非ポリマー3,7456
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
手法PQS
3
A: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
B: PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2018
ポリマ－107,3972
非ポリマー2,8056
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)184.600, 184.600, 281.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.137467, 0.494524, -0.858224), (-0.493514, 0.785439, 0.373535), (0.858805, 0.372197, 0.352027)111.852, 50.578, -88.873
2given(-0.391137, -0.363743, 0.845401), (-0.911532, 0.026385, -0.410381), (0.126967, -0.931126, -0.341883)165.979, 148.57001, 64.659

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)


分子量: 53698.457 Da / 分子数: 3 / 断片: FAD-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: GenBank: CAA05249, UniProt: O64411*PLUS

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[DFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112m-1a_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 634分子

#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-MD2 / N,N'-BIS(2,3-BUTADIENYL)-1,4-BUTANE-DIAMINE / MDL72527 / MDL-72527


分子量: 192.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.37 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlenzyme1drop
2300 mM1dropNaCl
350 mMsodium phosphate1drop
442-48 %satammonium sulfate1reservoir
50.02 %1reservoirNaN3
6100 mMsodium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 216570 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射
*PLUS
Num. obs: 211025 / % possible obs: 96.6 % / Num. measured all: 704940 / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.2 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
TNT精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
Rfactor反射数%反射
all0.193 211139 -
obs-211139 96 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11114 0 317 628 12059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.26
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.018
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 2125 / % reflection Rfree: 1 % / Rfactor all: 0.193 / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.26
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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