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- PDB-1b4d: AMIDOCARBAMATE INHIBITOR OF GLYCOGEN PHOSPHORYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b4d
タイトルAMIDOCARBAMATE INHIBITOR OF GLYCOGEN PHOSPHORYLASE
要素PROTEIN (GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B)
キーワードTRANSFERASE / GLYCOGEN PHOSPHORYLASE / INHIBITOR BINDING / AMIDOCARBAMATE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site. / Glycosyl transferase, family 35 / Carbohydrate phosphorylase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CRA / INOSINIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Glycogen phosphorylase, muscle form
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2 Å
データ登録者Tsitsanou, K.E. / Oikonomakos, N.G. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Gregoriou, M. / Watson, K.A. / Johnson, L.N. / Fleet, G.W.J.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Effects of commonly used cryoprotectants on glycogen phosphorylase activity and structure.
著者: Tsitsanou, K.E. / Oikonomakos, N.G. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Gregoriou, M. / Watson, K.A. / Johnson, L.N. / Fleet, G.W.
#1: ジャーナル: Synlett / 年: 1997
タイトル: Stereospecific Synthesis of Spirohydantoins of Beta-Glucopyranose:Inhibitors of Glycogen Phosphorylase
著者: Krulle, T.M. / De La Fuente, C. / Watson, K.A. / Gregoriou, M. / Johnson, L.N. / Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G. / Fleet, G.W.J.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: N-Acetyl-Beta-D-Glucopyranosylamine:A Potent T-State Inhibitor of Glycogen Phosphorylase. A Comparison with Alpha-D-Glucose
著者: Oikonomakos, N.G. / Kontou, M. / Zographos, S.E. / Watson, K.A. / Johnson, L.N. / Bichard, C.J.F. / Fleet, G.W.J. / Acharya, K.R.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Glucose Analogue Inhibitors of Glycogen Phosphorylase: The Design of Potential Drugs for Diabetes
著者: Martin, J.L. / Veluraja, K. / Ross, K. / Johnson, L.N. / Fleet, G.W. / Ramsden, N.G. / Bruce, I. / Orchard, M.G. / Oikonomakos, N.G. / Papageorgiou, A.C. / Leonidas, D.D. / Tsitoura, H.S.
履歴
登録1998年12月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / struct_conn ...diffrn_source / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1674
ポリマ－97,2911
非ポリマー8763
水14,772820
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.680, 126.680, 115.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B)


分子量: 97291.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase
#2: 糖 ChemComp-CRA / 1-DEOXY-1-METHOXYCARBAMIDO-BETA-D-GLUCO-2-HEPTULOPYRANOSONAMIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 280.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H16N2O8
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID


分子量: 348.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化温度: 289 K / pH: 6.7
詳細: CO-CRYSTALLIZED COMPLEX WAS OBTAINED FROM 0.01 M BES, PH 6.7, 0.003 M DTT, 0.001 M SPERMINE, 0.0001 M SODIUM EDTA, 0.02 % SODIUM AZIDE AND 0.01 M AMIDOCARBAMATE AT 16 DEGREES C. JUST BEFORE ...詳細: CO-CRYSTALLIZED COMPLEX WAS OBTAINED FROM 0.01 M BES, PH 6.7, 0.003 M DTT, 0.001 M SPERMINE, 0.0001 M SODIUM EDTA, 0.02 % SODIUM AZIDE AND 0.01 M AMIDOCARBAMATE AT 16 DEGREES C. JUST BEFORE DATA COLLECTION, THE CRYSTALS WERE TRANSFERRED TO A FRESH SOLUTION OF THE ABOVE BUFFER CONTAINING 30% GLYCEROL FOR 30-60 SEC., temperature 289K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.928
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 62995 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.67
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB ENTRY 1A8I

1a8i


解像度: 2→20 Å / 交差検証法: FREE R-FACTOR / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 3967 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 62895 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6542 0 57 820 7419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.182 / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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