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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b25 | ||||||
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タイトル | FORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM PYROCOCCUS FURIOSUS | ||||||
要素 | PROTEIN (FORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / MOCO / TUNGSTOENZYME / TUNGSTEN CONTAINING PROTEIN / HYPERTHERMOPHILE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aldehyde ferredoxin oxidoreductase activity / aldehyde ferredoxin oxidoreductase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Hu, Y.L. / Faham, S. / Roy, R. / Adams, M.W.W. / Rees, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Formaldehyde ferredoxin oxidoreductase from Pyrococcus furiosus: the 1.85 A resolution crystal structure and its mechanistic implications. 著者: Hu, Y. / Faham, S. / Roy, R. / Adams, M.W. / Rees, D.C. #1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1999 タイトル: Purification and Molecular Characterization of the Tungsten-Containing Formaldehyde Ferredoxin Oxidoreductase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus: The Third of a ...タイトル: Purification and Molecular Characterization of the Tungsten-Containing Formaldehyde Ferredoxin Oxidoreductase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus: The Third of a Putative Five Member Tungstoenzyme Family 著者: Roy, R. / Mukund, S. / Schut, G. / Dunn, D.M. / Weiss, R. / Adams, M.W.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b25.cif.gz | 504.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b25.ent.gz | 412.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b25.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1b25_validation.pdf.gz | 702.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1b25_full_validation.pdf.gz | 729.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1b25_validation.xml.gz | 49 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1b25_validation.cif.gz | 81.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/1b25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/1b25 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68860.742 Da / 分子数: 4 断片: DOMAIN 1: 1-208, DOMAIN 2: 209-406, DOMAIN 3: 407-619 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: O93738, UniProt: Q8U1K3*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-SF4 / #3: 化合物 | ChemComp-PTT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: melting-point capillary method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 240510 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.234 / % possible all: 83.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 928734 / Rmerge(I) obs: 0.074 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.6 % / Rmerge(I) obs: 0.234 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AOR 解像度: 1.85→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 0 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: UNRESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.93 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.256 |