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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ayu | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CYSTEINE PROTEASE HUMAN CATHEPSIN K IN COMPLEX WITH A COVALENT SYMMETRIC BISCARBOHYDRAZIDE INHIBITOR | ||||||
要素 | CATHEPSIN K | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SULFHYDRYL PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cathepsin K / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding ...cathepsin K / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / mitophagy / fibronectin binding / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / cysteine-type peptidase activity / bone resorption / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to insulin / response to organic cyclic compound / cellular response to tumor necrosis factor / response to ethanol / lysosome / immune response / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, B. / Smith, W.W. / Janson, C.A. / Abdel-Meguid, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: Design of potent and selective human cathepsin K inhibitors that span the active site. 著者: Thompson, S.K. / Halbert, S.M. / Bossard, M.J. / Tomaszek, T.A. / Levy, M.A. / Zhao, B. / Smith, W.W. / Abdel-Meguid, S.S. / Janson, C.A. / D'Alessio, K.J. / McQueney, M.S. / Amegadzie, B.Y. ...著者: Thompson, S.K. / Halbert, S.M. / Bossard, M.J. / Tomaszek, T.A. / Levy, M.A. / Zhao, B. / Smith, W.W. / Abdel-Meguid, S.S. / Janson, C.A. / D'Alessio, K.J. / McQueney, M.S. / Amegadzie, B.Y. / Hanning, C.R. / DesJarlais, R.L. / Briand, J. / Sarkar, S.K. / Huddleston, M.J. / Ijames, C.F. / Carr, S.A. / Garnes, K.T. / Shu, A. / Heys, J.R. / Bradbeer, J. / Zembryki, D. / Lee-Rykaczewski, L. / James, I.E. / Lark, M.W. / Drake, F.H. / Gowen, M. / Gleason, J.G. / Veber, D.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ayu.cif.gz | 47.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ayu.ent.gz | 35.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ayu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ayu_validation.pdf.gz | 449.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ayu_full_validation.pdf.gz | 455.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ayu_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ayu_validation.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/1ayu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/1ayu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23523.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INHIBITOR COVALENTLY BOUND TO ACTIVE SITE CYS 25 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: OSTEOCLAST / 細胞株: SF21 / 細胞株 (発現宿主): SF21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P43235, cathepsin K |
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#2: 化合物 | ChemComp-INA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 30% MPD, 0.1M MES, 0.1M TRIS-HCL, PH7.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年2月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 9452 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.22→2.44 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 93 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ATK 解像度: 2.2→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.254 |