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- PDB-1atg: AZOTOBACTER VINELANDII PERIPLASMIC MOLYBDATE-BINDING PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1atg
タイトルAZOTOBACTER VINELANDII PERIPLASMIC MOLYBDATE-BINDING PROTEIN
要素PERIPLASMIC MOLYBDATE-BINDING PROTEIN
キーワードBINDING PROTEIN / MOLYBDATE / TUNGSTATE / PERIPLASM / ABC TRANSPORTER
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdate ion binding / molybdate ion transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AvModA-like, substrate binding domain / Molybdate ABC transporter, substrate-binding protein / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TUNGSTATE(VI)ION / Binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH ANOMALOUS SCATTERING / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Lawson, D.M. / Pau, R.N. / Williams, C.E.M. / Mitchenall, L.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Ligand size is a major determinant of specificity in periplasmic oxyanion-binding proteins: the 1.2 A resolution crystal structure of Azotobacter vinelandii ModA.
著者: Lawson, D.M. / Williams, C.E. / Mitchenall, L.A. / Pau, R.N.
#1: ジャーナル: J.Chem.Soc.,Dalton Trans. / 年: 1997
タイトル: Protein Ligands for Molybdate. Specificity and Charge Stabilisation at the Anion-Binding Sites of Periplasmic and Intracellular Molybdate-Binding Proteins of Azotobacter Vinelandii
著者: Lawson, D.M. / Williams, C.E.M. / White, D.J. / Choay, A.P. / Mitchenall, L.A. / Pau, R.N.
履歴
登録1997年8月14日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PERIPLASMIC MOLYBDATE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9186
ポリマ－24,3911
非ポリマー5275
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.934, 88.802, 41.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PERIPLASMIC MOLYBDATE-BINDING PROTEIN / MODA


分子量: 24390.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 株: RP2 / 参照: UniProt: Q7SIH2

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非ポリマー , 5種, 360分子

#2: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION WITH PROTEIN CONCENTRATION IN THE RANGE 10-15 MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.0. 1 OR 2 MICROLITER DROPS OF THE LATTER WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 11-14% (W/V) ...詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION WITH PROTEIN CONCENTRATION IN THE RANGE 10-15 MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.0. 1 OR 2 MICROLITER DROPS OF THE LATTER WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 11-14% (W/V) PEG 4000 AND 0.4M AMMONIUM SULFATE IN 0.1M ACETATE BUFFER AT PH 4.0, AND THEN EQUILIBRATED AGAINST THIS SOLUTION AT 18 DEG C. CRYOPROTECTED USING THE SAME SOLUTION CONTAINING 25% (V/V) ETHYLENE GLYCOL., vapor diffusion - hanging drop, temperature 291K
PH範囲: 4.0-7.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110-15 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
31 mMsodium molybdate1dropcan be replaced by 1mM sodium tungstate
411-14 %(w/v)PEG40001reservoir
50.4 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9116
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→100 Å / Num. obs: 74061 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
VARIOUSCCP4 PROGRAMS (INCLUDING MLPHAREモデル構築
直接法モデル構築
Oモデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(MLPHARE位相決定
直接法位相決定
OTHERS)位相決定
精密化構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH ANOMALOUS SCATTERING
解像度: 1.2→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: LUZZATI ESD BASED ON TEST REFLECTIONS ONLY. PLANE RESTRAINT RMS BASED ON NON-AROMATIC PLANAR GROUPS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 3730 5 %RANDOM
Rwork0.1644 ---
obs-74061 99.4 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.13 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1721 0 22 355 2098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0070.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.020.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0260.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.1642
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.6272.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.3043
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.1714.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.2250.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.080.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1650.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2460.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1480.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor47
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor23.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.164 / Rfactor Rfree: 0.18354 / Rfactor Rwork: 0.1644
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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