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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1afs | ||||||
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タイトル | RECOMBINANT RAT LIVER 3-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE (3-ALPHA-HSD) COMPLEXED WITH NADP AND TESTOSTERONE | ||||||
![]() | 3-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase (Si-specific) / androsterone dehydrogenase (B-specific) activity / steroid dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / ketosteroid monooxygenase activity / progesterone metabolic process / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity ...3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase (Si-specific) / androsterone dehydrogenase (B-specific) activity / steroid dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / ketosteroid monooxygenase activity / progesterone metabolic process / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / prostaglandin metabolic process / steroid metabolic process / hippocampus development / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bennett, M.J. / Albert, R.H. / Jez, J.M. / Ma, H. / Penning, T.M. / Lewis, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Steroid recognition and regulation of hormone action: crystal structure of testosterone and NADP+ bound to 3 alpha-hydroxysteroid/dihydrodiol dehydrogenase. 著者: Bennett, M.J. / Albert, R.H. / Jez, J.M. / Ma, H. / Penning, T.M. / Lewis, M. #1: ![]() タイトル: Structure of 3 Alpha-Hydroxysteroid/Dihydrodiol Dehydrogenase Complexed with Nadp+ 著者: Bennett, M.J. / Schlegel, B.P. / Jez, J.M. / Penning, T.M. / Lewis, M. #2: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Rat Liver 3 Alpha-Hydroxysteroid/Dihydrodiol Dehydrogenase: A Member of the Aldo-Keto Reductase Superfamily 著者: Hoog, S.S. / Pawlowski, J.E. / Alzari, P.M. / Penning, T.M. / Lewis, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1lwiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.956096, -0.220739, -0.192756), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37192.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P23457, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase (Si-specific) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: SUPPER DOUBLE MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 26156 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.7 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 92.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1LWI 解像度: 2.5→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.7 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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