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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1afq | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE GAMMA-CHYMOTRYPSIN COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR | ||||||
要素 | (BOVINE GAMMA- ...) x 3 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sugio, S. / Kashima, A. / Inoue, Y. / Maeda, I. / Nose, T. / Shimohigashi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998 タイトル: X-ray crystal structure of a dipeptide-chymotrypsin complex in an inhibitory interaction. 著者: Kashima, A. / Inoue, Y. / Sugio, S. / Maeda, I. / Nose, T. / Shimohigashi, Y. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Gamma-Chymotrypsin is a Complex of Alpha-Chymotrypsin with its Own Autolysis Products 著者: Harel, M. / Su, C.-T. / Frolow, F. / Silman, I. / Sussman, J.L. #2: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1991 タイトル: Structure of Gamma-Chymotrypsin in the Range Ph 2.0 To Ph 10.5 Suggests that Gamma-Chymotrypsin is a Covalent Acyl-Enzyme Adduct at Low Ph 著者: Dixon, M.M. / Brennan, R.G. / Matthews, B.W. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989 タイトル: Is Gamma-Chymotrypsin a Tetrapeptide Acyl-Enzyme Adduct of Alpha-Chymotrypsin? 著者: Dixon, M.M. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1afq.cif.gz | 57.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1afq.ent.gz | 44.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1afq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1afq_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1afq_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1afq_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1afq_validation.cif.gz | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/1afq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/1afq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-BOVINE GAMMA- ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1253.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin |
#3: タンパク質 | 分子量: 10003.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin |
-非ポリマー , 3種, 130分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | THERE ARE TWO INHIBITOR MOLECULES IN AN ASYMMETRIC UNIT. ONE (CHAIN C) IS BOUND TO SUBSTRATE ...THERE ARE TWO INHIBITOR MOLECULES IN AN ASYMMETRIC |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: GAMMA-CHYMOTRYPSIN CRYSTALS WERE SOAKED INTO A SOLUTION CONTAINING SATURATED INHIBITOR, 65% SATURATED AMMONIUM SULFATE AND 100 MM HEPES BUFFER (PH7.5) AT 293K FOR A MONTH. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 292 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月10日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→97.4 Å / Num. obs: 22647 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.128 / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / % possible all: 95.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 215467 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.6 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AB9 解像度: 1.8→5 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: POSTERIORI / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 17.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.245 |