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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a7z | ||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ACTINOMYCIN Z3 | ||||||||||||
![]() | ACTINOMYCIN Z3 | ||||||||||||
![]() | ANTIBIOTIC / ACTINOMYCIN D / ACTINOMYCIN / ANTICANCER / ANTITUMOR / CHROMOPHORE / DEPSIPEPTIDE | ||||||||||||
機能・相同性 | Actinomycin Z3 / BENZENE / : ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() | ||||||||||||
![]() | Schafer, M. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Actinomycin D and Actinomycin Z3. 著者: Schafer, M. / Sheldrick, G.M. / Bahner, I. / Lackner, H. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 20.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 411.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 413 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | #2: 化合物 | ChemComp-BNZ / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ACTINOMYCIN Z3 IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: PH 7 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 一般名: benzene |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年9月22日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.95→32.45 Å / Num. obs: 15653 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.06 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.17 |
反射 シェル | 解像度: 0.95→1.05 Å / 冗長度: 4.85 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.93 / % possible all: 98.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 112696 / Rmerge(I) obs: 0.0602 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 0.95→32.45 Å / Num. parameters: 3024 / Num. restraintsaints: 5470 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 StereochEM target val spec case: NO RESTRAINTS ON DISTANCES AND ANGLES 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.026
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Refine analyze | Num. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 286 / Occupancy sum non hydrogen: 307 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.95→32.45 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.0797 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_angle_d |