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- PDB-1a0r: HETEROTRIMERIC COMPLEX OF PHOSDUCIN/TRANSDUCIN BETA-GAMMA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a0r
タイトルHETEROTRIMERIC COMPLEX OF PHOSDUCIN/TRANSDUCIN BETA-GAMMA
要素
  • PHOSDUCIN
  • TRANSDUCIN (BETA SUBUNIT)
  • TRANSDUCIN (GAMMA SUBUNIT)
キーワードCOMPLEX (TRANSDUCER/TRANSDUCTION) / PHOSDUCIN / TRANSDUCIN / BETA-GAMMA / SIGNAL TRANSDUCTION / REGULATION / PHOSPHORYLATION / G PROTEINS / THIOREDOXIN / VISION / MEKA / COMPLEX (TRANSDUCER-TRANSDUCTION) / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION / FARNESYL / FARNESYLATION / COMPLEX (TRANSDUCER-TRANSDUCTION) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor ...Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (z) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / visual perception / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosducin, domain 2 / Phosducin; domain 2 / Phosducin / Phosducin, N-terminal domain superfamily / : / Phosducin, thioredoxin-like domain / Phosducin / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...Phosducin, domain 2 / Phosducin; domain 2 / Phosducin / Phosducin, N-terminal domain superfamily / : / Phosducin, thioredoxin-like domain / Phosducin / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Glutaredoxin / Glutaredoxin / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Few Secondary Structures / Irregular / Thioredoxin-like superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FARNESYL / Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Phosducin / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, CROSS-CRYSTAL A / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Loew, A. / Ho, Y.-K. / Blundell, T.L. / Bax, B.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Phosducin induces a structural change in transducin beta gamma.
著者: Loew, A. / Ho, Y.K. / Blundell, T. / Bax, B.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure at 2.4 Angstroms Resolution of the Complex of Transducin Betagamma and its Regulator, Phosducin
著者: Gaudet, R. / Bohm, A. / Sigler, P.B.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: The Structure of the G Protein Heterotrimer Gi Alpha 1 Beta 1 Gamma 2
著者: Wall, M.A. / Coleman, D.E. / Lee, E. / Iniguez-Lluhi, J.A. / Posner, B.A. / Gilman, A.G. / Sprang, S.R.
履歴
登録1997年12月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection / Other
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.52020年6月24日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.82024年10月16日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: TRANSDUCIN (BETA SUBUNIT)
G: TRANSDUCIN (GAMMA SUBUNIT)
P: PHOSDUCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4684
ポリマ－73,2613
非ポリマー2061
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10120 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area25290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.090, 87.910, 98.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TRANSDUCIN (BETA SUBUNIT) / GT BETA


分子量: 37325.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENT / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: ROD OUTER SEGMENTS / 器官: EYE / 組織: RETINA / 参照: UniProt: P04901, UniProt: P62871*PLUS
#2: タンパク質 TRANSDUCIN (GAMMA SUBUNIT) / GT GAMMA


分子量: 7666.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENT / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: ROD OUTER SEGMENTS / 器官: EYE / 組織: RETINA / 参照: UniProt: P02698
#3: タンパク質 PHOSDUCIN / MEKA / PP33


分子量: 28268.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: PURIFIED FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENT IN COMPLEX WITH TRANSDUCIN BETA-GAMMA SUBUNIT
由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: ROD OUTER SEGMENTS / 器官: EYE / 組織: RETINA / 参照: UniProt: P19632
#4: 化合物 ChemComp-FAR / FARNESYL / (6E)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエン


分子量: 206.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.8
詳細: THE PROTEIN COMPLEX (10 MG/ML SOLUTION) WAS CRYSTALLIZED FROM 400 MM SODIUM CACODYLATE (PH 6.8), 1 MM ZINC CHLORIDE, 25 % ETHYLENE GLYCOL, 12 % PEG 8000, BY MICROBATCH CRYSTALLIZATION AT 4 ...詳細: THE PROTEIN COMPLEX (10 MG/ML SOLUTION) WAS CRYSTALLIZED FROM 400 MM SODIUM CACODYLATE (PH 6.8), 1 MM ZINC CHLORIDE, 25 % ETHYLENE GLYCOL, 12 % PEG 8000, BY MICROBATCH CRYSTALLIZATION AT 4 DEGREES C., microbatch, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein11
2400 mMcacodylic acid/NaOH11
31 mM11ZnCl2
41 mMbeta-mercaptoethanol11
51 mMPMSF11
61 mMbenzamidine11
725 %ethylene glycol11
812 %PEG800011

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 0.9194
検出器検出器: CCD / 日付: 1996年4月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9194 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 15784 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.09 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rsym value: 0.08
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rsym value: 0.315 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.315

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, CROSS-CRYSTAL A
開始モデル: BETA-GAMMA CHAIN OF 1GP2

1gp2


解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 909 7.6 %SHELLS
Rwork0.228 ---
obs0.228 11938 71 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4659 0 18 21 4698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 65 6.8 %
Rwork0.296 889 -
obs--45.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX_ACE.PROTOPHCSDX_NEW.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3FAR.PARFAR.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.222 / Rfactor Rfree: 0.261
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.94
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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