+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19816 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of KefC Asp156Asn variant | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | KefC / Potassium / GSH / Mutant / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutathione-regulated potassium exporter activity / response to methylglyoxal / potassium:proton antiporter complex / intracellular pH elevation / regulation of pH / antiporter activity / toxic substance binding / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / response to hydrogen peroxide ...glutathione-regulated potassium exporter activity / response to methylglyoxal / potassium:proton antiporter complex / intracellular pH elevation / regulation of pH / antiporter activity / toxic substance binding / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / response to hydrogen peroxide / potassium ion transport / response to toxic substance / nucleotide binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Gulati A / Kokane S / Drew D | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, European Union, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of KefC Asp156Asn variant 著者: Gulati A / Kokane S / Drew D | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19816.map.gz | 26.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-19816-v30.xml emd-19816.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19816_fsc.xml | 7.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19816.png | 162.3 KB | ||
マスクデータ | emd_19816_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19816.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_19816_additional_1.map.gz emd_19816_half_map_1.map.gz emd_19816_half_map_2.map.gz | 47 MB 49 MB 49 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19816 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19816 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19816_validation.pdf.gz | 955.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_19816_full_validation.pdf.gz | 954.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19816_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19816_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19816 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19816 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9embMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9967 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19816_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map
ファイル | emd_19816_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19816_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19816_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homodimer of KefC Asp156Asn variant
全体 | 名称: Homodimer of KefC Asp156Asn variant |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Homodimer of KefC Asp156Asn variant
超分子 | 名称: Homodimer of KefC Asp156Asn variant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefC
分子 | 名称: Glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefC タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 61.182238 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDSHTLIQAL IYLGSAALIV PIAVRLGLGS VLGYLIAGCI IGPWGLRLVT DAESILHFAE IGVVLMLFII GLELDPQRLW KLRAAVFGG GALQMVICGG LLGLFCMLLG LRWQVAELIG MTLALSSTAI AMQAMNERNL MVTQMGRSAF AVLLFQNIAA I PLVAMIPL ...文字列: MDSHTLIQAL IYLGSAALIV PIAVRLGLGS VLGYLIAGCI IGPWGLRLVT DAESILHFAE IGVVLMLFII GLELDPQRLW KLRAAVFGG GALQMVICGG LLGLFCMLLG LRWQVAELIG MTLALSSTAI AMQAMNERNL MVTQMGRSAF AVLLFQNIAA I PLVAMIPL LATSSASTTM GAFALSALKV AGALVLVVLL GRYVTRPALR FVARSGLREV FSAVALFLVF GFGLLLEEVG LS MAMGAFL AGVLLASSEY RHALESDIEP FKGLLLGLFF IGVGMSIDFG TLLENPLRIV ILLLGFLIIK IAMLWLIARP LQV PNKQRR WFAVLLGQGS EFAFVVFGAA QMANVLEPEW AKSLTLAVAL SMAATPILLV ILNRLEQSST EEAREADEID EEQP RVIIA GFGRFGQITG RLLLSSGVKM VVLDHDPDHI ETLRKFGMKV FYGDATRMDL LESAGAAKAE VLINAIDDPQ TNLQL TEMV KEHFPHLQII ARARDVDHYI RLRQAGVEKP ERETFEGALK TGRLALESLG LGPYEARERA DVFRRFNIQM VEEMAM V UniProtKB: Glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefC |
-分子 #2: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: AMP |
---|---|
分子量 | 理論値: 347.221 Da |
Chemical component information | ChemComp-AMP: |
-分子 #3: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...
分子 | 名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: PGW |
---|---|
分子量 | 理論値: 749.007 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |