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- EMDB-19395: CryoEM structure of recombinant human Bri2 BRICHOS oligomers -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19395
タイトルCryoEM structure of recombinant human Bri2 BRICHOS oligomers
マップデータ
試料
  • 複合体: Recombinant human Bri2 BRICHOS oligomers
    • タンパク質・ペプチド: Integral membrane protein 2B
キーワードchaperone / anti-amyloid / dementia / Bri2
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Golgi-associated vesicle membrane / organelle membrane / nervous system development / amyloid-beta binding / endosome membrane / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus ...negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Golgi-associated vesicle membrane / organelle membrane / nervous system development / amyloid-beta binding / endosome membrane / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integral membrane protein 2 / BRICHOS / BRICHOS domain / BRICHOS domain / BRICHOS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integral membrane protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chen G / Johansson J / Hebert H
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2024
タイトル: Molecular basis for different substrate-binding sites and chaperone functions of the BRICHOS domain.
著者: Gefei Chen / Yu Wang / Zihan Zheng / Wangshu Jiang / Axel Leppert / Xueying Zhong / Anna Belorusova / Gregg Siegal / Caroline Jegerschöld / Philip J B Koeck / Axel Abelein / Hans Hebert / ...著者: Gefei Chen / Yu Wang / Zihan Zheng / Wangshu Jiang / Axel Leppert / Xueying Zhong / Anna Belorusova / Gregg Siegal / Caroline Jegerschöld / Philip J B Koeck / Axel Abelein / Hans Hebert / Stefan D Knight / Jan Johansson /
要旨: Proteins can misfold into fibrillar or amorphous aggregates and molecular chaperones act as crucial guardians against these undesirable processes. The BRICHOS chaperone domain, found in several ...Proteins can misfold into fibrillar or amorphous aggregates and molecular chaperones act as crucial guardians against these undesirable processes. The BRICHOS chaperone domain, found in several otherwise unrelated proproteins that contain amyloidogenic regions, effectively inhibits amyloid formation and toxicity but can in some cases also prevent non-fibrillar, amorphous protein aggregation. Here, we elucidate the molecular basis behind the multifaceted chaperone activities of the BRICHOS domain from the Bri2 proprotein. High-confidence AlphaFold2 and RoseTTAFold predictions suggest that the intramolecular amyloidogenic region (Bri23) is part of the hydrophobic core of the proprotein, where it occupies the proposed amyloid binding site, explaining the markedly reduced ability of the proprotein to prevent an exogenous amyloidogenic peptide from aggregating. However, the BRICHOS-Bri23 complex maintains its ability to form large polydisperse oligomers that prevent amorphous protein aggregation. A cryo-EM-derived model of the Bri2 BRICHOS oligomer is compatible with surface-exposed hydrophobic motifs that get exposed and come together during oligomerization, explaining its effects against amorphous aggregation. These findings provide a molecular basis for the BRICHOS chaperone domain function, where distinct surfaces are employed against different forms of protein aggregation.
履歴
登録2024年1月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19395.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19395.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 160 pix.
= 169.6 Å		1.06 Å/pix.
x 160 pix.
= 169.6 Å		1.06 Å/pix.
x 160 pix.
= 169.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.0061491304 - 0.049778506
平均 (標準偏差)0.0009589252 (±0.0026231527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 169.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19395_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19395_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant human Bri2 BRICHOS oligomers

全体名称: Recombinant human Bri2 BRICHOS oligomers
要素
  • 複合体: Recombinant human Bri2 BRICHOS oligomers
    • タンパク質・ペプチド: Integral membrane protein 2B

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超分子 #1: Recombinant human Bri2 BRICHOS oligomers

超分子名称: Recombinant human Bri2 BRICHOS oligomers / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 205 KDa

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分子 #1: Integral membrane protein 2B

分子名称: Integral membrane protein 2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.949985 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QTIEENIKIF EEEEVEFISV PVPEFADSDP ANIVHDFNKK LTAYLDLNLD KCYVIPLNTS IVMPPRNLLE LLINIKAGTY LPQSYLIHE HMVITDRIEN IDHLGFFIYR LCHDKETYKL

UniProtKB: Integral membrane protein 2B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.08 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 44.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 589803
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 146177
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 420
得られたモデル

PDB-8rnu:
CryoEM structure of recombinant human Bri2 BRICHOS oligomers

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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