[日本語] English
万見
- EMDB-19286: consensus map of the V-K CRISPR-associated Transposon Integration... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19286
タイトルconsensus map of the V-K CRISPR-associated Transposon Integration Assembly
マップデータCAST V-K R1 global refinement, consensus map used as reference for composite map.
試料
  • 複合体: Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state after transesterification (consensus map)
    • RNA: x 1種
    • DNA: x 6種
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
キーワードCRISPR-associated Transposon genome editing transposition / DNA BINDING PROTEIN
生物種Scytonema hofmannii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Tenjo-Castano F / Mesa P / Montoya G
資金援助 デンマーク, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
European Research Council (ERC)101096548European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Conformational landscape of the type V-K CRISPR-associated transposon integration assembly.
著者: Francisco Tenjo-Castaño / Nicholas Sofos / Luisa S Stutzke / Piero Temperini / Anders Fuglsang / Tillmann Pape / Pablo Mesa / Guillermo Montoya /
要旨: CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opt CRISPR-Cas systems for RNA-guided DNA transposition. CASTs integrate large DNA cargos into the attachment (att) site ...CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opt CRISPR-Cas systems for RNA-guided DNA transposition. CASTs integrate large DNA cargos into the attachment (att) site independently of homology-directed repair and thus hold promise for eukaryotic genome engineering. However, the functional diversity and complexity of CASTs hinder an understanding of their mechanisms. Here, we present the high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the reconstituted ∼1 MDa post-transposition complex of the type V-K CAST, together with different assembly intermediates and diverse TnsC filament lengths, thus enabling the recapitulation of the integration complex formation. The results of mutagenesis experiments probing the roles of specific residues and TnsB-binding sites show that transposition activity can be enhanced and suggest that the distance between the PAM and att sites is determined by the lengths of the TnsB C terminus and the TnsC filament. This singular model of RNA-guided transposition provides a foundation for repurposing the system for genome-editing applications.
履歴
登録2023年12月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19286.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CAST V-K R1 global refinement, consensus map used as reference for composite map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 484 pix.
= 352.352 Å		0.73 Å/pix.
x 242 pix.
= 176.176 Å		0.73 Å/pix.
x 240 pix.
= 174.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.728 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055
最小 - 最大-0.29208744 - 0.508315
平均 (標準偏差)0.003402445 (±0.027492493)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin314315152
サイズ242240484
Spacing240242484
セルA: 174.72 Å / B: 176.176 Å / C: 352.352 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_19286_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: CAST V-K R1 global refinement, Half-A map.

ファイルemd_19286_half_map_1.map
注釈CAST V-K R1 global refinement, Half-A map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: CAST V-K R1 global refinement, Half-B map.

ファイルemd_19286_half_map_2.map
注釈CAST V-K R1 global refinement, Half-B map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state af...

全体名称: Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state after transesterification (consensus map)
要素
  • 複合体: Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state after transesterification (consensus map)
    • RNA: sgRNA
    • DNA: Non-target strand - LE
    • DNA: Target strand - LE
    • DNA: LE
    • DNA: RE
    • DNA: Non-target strand - RE
    • DNA: Target strand
    • タンパク質・ペプチド: Cas12k
    • タンパク質・ペプチド: S15
    • タンパク質・ペプチド: TniQ
    • タンパク質・ペプチド: TnsC
    • タンパク質・ペプチド: TnsB

+
超分子 #1: Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state af...

超分子名称: Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state after transesterification (consensus map)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 1 MDa

+
分子 #1: sgRNA

分子名称: sgRNA / タイプ: rna / ID: 1
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
配列文字列: GGAUAUUAAU AGCGCCGCAA UUCAUGCUGC UUGCAGCCUC UGAAUUUUGU UAAAUGAGGG UUAGUUUGAC UGUAUAAAUA CAGUCUUGCU UUCUGACCCU GGUAGCUGCU CACCCUGAUG CUGCUGUCAA UAGACAGGAU AGGUGCGCUC CCAGCAAUAA GGGCGCGGAU ...文字列:
GGAUAUUAAU AGCGCCGCAA UUCAUGCUGC UUGCAGCCUC UGAAUUUUGU UAAAUGAGGG UUAGUUUGAC UGUAUAAAUA CAGUCUUGCU UUCUGACCCU GGUAGCUGCU CACCCUGAUG CUGCUGUCAA UAGACAGGAU AGGUGCGCUC CCAGCAAUAA GGGCGCGGAU GUACUGCUGU AGUGGCUACU GAAUCACCCC CGAUCAAGGG GGAACCCUCC AAAAGGUGGG UUGAAAGGAG AAGUCAUUUA AUAAGGCCAC U

+
分子 #2: Non-target strand - LE

分子名称: Non-target strand - LE / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
配列文字列:
GtgaaggttC TCTTCAGTAT TAATAAGGCC ACTGTTAAAA CGTACTATAt agaCATCTCC ACAAAAGG

+
分子 #3: Target strand - LE

分子名称: Target strand - LE / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
配列文字列:
aattaaatag tcacaatgac attaatctgt caccgacgac agataatttg tcactgtaca ctacgCCTTT TGTGGAGATG tctaATATCT ACGTTTTAAC AGTGGCCTTA TTAAATGACT TCTCaacctt cac

+
分子 #4: LE

分子名称: LE / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAtgtac agtgacaaat tatctgtcgt cggtgacaga ttaatgtcat tgtgactatt taatt

+
分子 #5: RE

分子名称: RE / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAtgtac agtgactaat tatatgtcgt tgtgacaaat tattgtcatc agtaaaatcc ttat

+
分子 #6: Non-target strand - RE

分子名称: Non-target strand - RE / タイプ: dna / ID: 6 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
配列文字列:
ataaggattt tactgatgac aataatttgt cacaacgaca tataattagt cactgtacac gtagAGACGT AGCAATGCT

+
分子 #7: Target strand

分子名称: Target strand / タイプ: dna / ID: 7 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
配列文字列:
AGCATTGCTA CGTCT

+
分子 #8: Cas12k

分子名称: Cas12k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KENLYFQGGS SQITIQARLI SFESNRQQLW KLMADLNTPL INELLCQLGQ HPDFEKWQQK GKLPSTVVSQ LCQPLKTDPR FAGQPSRLYM SAIHIVDYIY KSWLAIQKRL QQQLDGKTRW ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KENLYFQGGS SQITIQARLI SFESNRQQLW KLMADLNTPL INELLCQLGQ HPDFEKWQQK GKLPSTVVSQ LCQPLKTDPR FAGQPSRLYM SAIHIVDYIY KSWLAIQKRL QQQLDGKTRW LEMLNSDAEL VELSGDTLEA IRVKAAEILA IAMPASESDS ASPKGKKGKK EKKPSSSSPK RSLSKTLFDA YQETEDIKSR SAISYLLKNG CKLTDKEEDS EKFAKRRRQV EIQIQRLTEK LISRMPKGRD LTNAKWLETL LTATTTVAED NAQAKRWQDI LLTRSSSLPF PLVFETNEDM VWSKNQKGRL CVHFNGLSDL IFEVYCGNRQ LHWFQRFLED QQTKRKSKNQ HSSGLFTLRN GHLVWLEGEG KGEPWNLHHL TLYCCVDNRL WTEEGTEIVR QEKADEITKF ITNMKKKSDL SDTQQALIQR KQSTLTRINN SFERPSQPLY QGQSHILVGV SLGLEKPATV AVVDAIANKV LAYRSIKQLL GDNYELLNRQ RRQQQYLSHE RHKAQKNFSP NQFGASELGQ HIDRLLAKAI VALARTYKAG SIVLPKLGDM REVVQSEIQA IAEQKFPGYI EGQQKYAKQY RVNVHRWSYG RLIQSIQSKA AQTGIVIEEG KQPIRGSPHD KAKELALSAY NLRLTRRS

+
分子 #9: S15

分子名称: S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SMALTQERKQ EIIVNYQVHE TDTGSADVQV AMLTERINRL SLHLQANKKD HSSRRGLLKL IGQRKRLLAY IQKDSREKYQ ALIGRLGIRG

+
分子 #10: TniQ

分子名称: TniQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIEAPDVKPW LFLIKPYEGE SLSHFLGRFR RANHLSASGL GTLAGIGAIV ARWERFHFNP RPSQQELEAI ASVVEVDAQR LAQMLPPAGV GMQHEPIRLC GACYAESPCH RIEWQYKSVW KCDRHQLKIL AKCPNCQAPF KMPALWEDGC CHRCRMPFAE MAKLQKVGSE FELENLYFQ

+
分子 #11: TnsC

分子名称: TnsC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: STEAQAIAKQ LGGVKPDDEW LQAEIARLKG KSIVPLQQVK TLHDWLDGKR KARKSCRVVG ESRTGKTVAC DAYRYRHKPQ QEAGRPPTVP VVYIRPHQKC GPKDLFKKIT EYLKYRVTKG TVSDFRDRTI EVLKGCGVEM LIIDEADRLK PETFADVRDI AEDLGIAVVL ...文字列:
STEAQAIAKQ LGGVKPDDEW LQAEIARLKG KSIVPLQQVK TLHDWLDGKR KARKSCRVVG ESRTGKTVAC DAYRYRHKPQ QEAGRPPTVP VVYIRPHQKC GPKDLFKKIT EYLKYRVTKG TVSDFRDRTI EVLKGCGVEM LIIDEADRLK PETFADVRDI AEDLGIAVVL VGTDRLDAVI KRDEQVLERF RAHLRFGKLS GEDFKNTVEM WEQMVLKLPV SSNLKSKEML RILTSATEGY IGRLDEILRE AAIRSLSRGL KKIDKAVLQE VAKEYK

+
分子 #12: TnsB

分子名称: TnsB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNSQQNPDLA VHPLAIPMEG LLGESATTLE KNVIATQLSE EAQVKLEVIQ SLLEPCDRTT YGQKLREAAE KLNVSLRTVQ RLVKNWEQDG LVGLTQTSRA DKGKHRIGEF WENFITKTYK EGNKGSKRMT PKQVALRVEA KARELKDSKP PNYKTVLRVL APILEKQQKA ...文字列:
SNSQQNPDLA VHPLAIPMEG LLGESATTLE KNVIATQLSE EAQVKLEVIQ SLLEPCDRTT YGQKLREAAE KLNVSLRTVQ RLVKNWEQDG LVGLTQTSRA DKGKHRIGEF WENFITKTYK EGNKGSKRMT PKQVALRVEA KARELKDSKP PNYKTVLRVL APILEKQQKA KSIRSPGWRG TTLSVKTREG KDLSVDYSNH VWQCDHTRVD VLLVDQHGEI LSRPWLTTVI DTYSRCIMGI NLGFDAPSSG VVALALRHAI LPKRYGSEYK LHCEWGTYGK PEHFYTDGGK DFRSNHLSQI GAQLGFVCHL RDRPSEGGVV ERPFKTLNDQ LFSTLPGYTG SNVQERPEDA EKDARLTLRE LEQLLVRYIV DRYNQSIDAR MGDQTRFERW EAGLPTVPVP IPERDLDICL MKQSRRTVQR GGCLQFQNLM YRGEYLAGYA GETVNLRFDP RDITTILVYR QENNQEVFLT RAHAQGLETE QLALDEAEAA SRRLRTAGKT ISNQSLLQEV VDRDALVATK KSRKERQKLE QTVLRSAAVD ESNRESLPSQ IVEPDEVEST ETVHSQYEDI EVWDYEQLRE EYGF

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る