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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Bacteriophage JBD30 baseplate - composite structure | |||||||||
![]() | composite map of bacteriophage jbd30 baseplate | |||||||||
![]() |
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![]() | bacteriophage JBD30 / virion / baseplate / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.46 Å | |||||||||
![]() | Valentova L / Fuzik T / Plevka P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and replication of Pseudomonas aeruginosa phage JBD30 著者: Valentova L / Plevka P / Fuzik T / Novacek J / Pospisil J | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 32.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 27.3 KB 27.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 150.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.8 KB | ||
その他 | ![]() | 54.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rk3MC ![]() 19257 ![]() 19258 ![]() 19259 ![]() 19260 ![]() 19261 ![]() 19262 ![]() 19263 ![]() 19264 ![]() 19265 ![]() 19266 ![]() 19267 ![]() 19268 ![]() 19269 ![]() 19270 ![]() 19271 ![]() 19272 ![]() 19273 ![]() 19274 ![]() 19280 ![]() 19281 ![]() 19285 ![]() 19439 ![]() 19561 ![]() 8rk4C ![]() 8rk5C ![]() 8rk6C ![]() 8rk7C ![]() 8rk8C ![]() 8rk9C ![]() 8rkaC ![]() 8rkbC ![]() 8rkcC ![]() 8rknC ![]() 8rkoC ![]() 8rkxC ![]() 8rqeC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | composite map of bacteriophage jbd30 baseplate | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8336 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Pseudomonas phage JBD30
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
|
-超分子 #1: Pseudomonas phage JBD30
超分子 | 名称: Pseudomonas phage JBD30 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1223260 / 生物種: Pseudomonas phage JBD30 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 1.713 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: JBD30 capsid / 直径: 640.0 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: Tape measure protein N-terminal domain-containing protein
分子 | 名称: Tape measure protein N-terminal domain-containing protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 120.920586 KDa |
配列 | 文字列: MATNQQLSIA LRIQADLAEA QNALRQLTGN LQQVDRGAVQ TRSELSAMGG QLDSLRAQVL GFVGAWASLS ALGGLVTMVD QYGQMADRI QMVTSSTAEY EQVQARLLET ASRTYRPLAE AQELYIRTAD SLKSLRYTTE QALDITDSFS FLLVTNAASA D RAASAIDA ...文字列: MATNQQLSIA LRIQADLAEA QNALRQLTGN LQQVDRGAVQ TRSELSAMGG QLDSLRAQVL GFVGAWASLS ALGGLVTMVD QYGQMADRI QMVTSSTAEY EQVQARLLET ASRTYRPLAE AQELYIRTAD SLKSLRYTTE QALDITDSFS FLLVTNAASA D RAASAIDA YSKSIQTGKV SSDAWQSIMA AMPSLVNALA ESTGKSTEEI RKLGIEGSLS LRDLNEGLRK TVAANREAAD NM GTSVQDA LVSLNNALSA YLGELNRTYD ITGSVSSALN VLAENMEVIV KLFGVAAVAG LTRYVASLTL ATQAKLAAVL AAR AQAAEE LRTAQAQVAS TAAAAANARA QAGLTVSHTQ AAAAEAAHTA ATQRLAAAQL AAGAAMRGML AVIGGPAGIA MLVA GAAAS FFLFRDSAQA VKSSLDDLSE PLDQVVERMG KLSEIEQDRE LTRLSEQIDG LRQTAVEAAR EMREVASTAL YGARL DRIP SAEAQQALQP LIDASADAAR GVEVDWKSVM DTLAASGAVP DSLKRKLLDM AAGQAEAGRT ATELGQRHAE LKARLE GST AAINENSDAL SKGSDKAAEY IQSLRLAIAD LEDPSVLGKA GRRLQQFGAD LNAEQSAEIL RLETLKANTE KAAQARE DA RRKAESSARQ QASTAEQLAK SQEGYVAGLE KQARTLGLTS AEVRAYELAE KGLTGALHAR AAAALAALAA DEKKRQAD A NARTNAGLEA EYLRATGRTV DAGLLEIRTK FDAMRRDFEK AGNDAGLAWI DKLIPVAEAK VRLDDVKQQM DDLLADQQR AESSVNVQQD AGVINEMDAR QRILDIHRAT YEKLQQIRPI LEQMARQPGE VGRAAAESLA QLDAEAARLQ QTTTLLETTL RDGLTTGFT DAIKGLASGT MDLRDAITSL GEAVLNALVN MAAQNLAQSL SSGIMGLFGG GQQDTSMTTG AAAVTASAGA L STAGASLL TGAAAIQAAA ASLAAANGVQ GLGAAAGGAG AAGAAAGGGS WLSSIAGIFG FASGGHIKGP GTGTSDSIPI LA SNDEFMT RAAVVRQPGA LAFLEQFNRY GMAALAGWAN PVRHATGGQI GTPAPNLPAP VRAGANLPEP SKNFSTSVAN SIY LHAVQD TDQMAADMWA GKGGEHFLVW LNKNRQAVKQ II UniProtKB: Tape measure protein N-terminal domain-containing protein |
-分子 #2: DUF2163 domain-containing protein
分子 | 名称: DUF2163 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 29.979053 KDa |
配列 | 文字列: MSFNSRESSL ADGQPVRLYQ FSRGAIRWSY NSSDRDITYQ NQIFRTVPGG ITDNGIICSG DPQSDQFVIT APADLDVALL YKTRSPSDA IDLVVYDMHY GDAEAAVSWV GQIGDVDWPT VDSCRITCVS EDELMDQPGL TDTYCRTCTA IVGDHRCKVN L VPYRVTLT ...文字列: MSFNSRESSL ADGQPVRLYQ FSRGAIRWSY NSSDRDITYQ NQIFRTVPGG ITDNGIICSG DPQSDQFVIT APADLDVALL YKTRSPSDA IDLVVYDMHY GDAEAAVSWV GQIGDVDWPT VDSCRITCVS EDELMDQPGL TDTYCRTCTA IVGDHRCKVN L VPYRVTLT PQSVSAWVIS SGVVAGYADG WFTGGYVEWQ VDGDNYDRRF IEQHAGADLH ILGGTEGIPA GGQLRVYPGC DG LAQTCDD KFSNLPNFRG FNAMQGKSPF DGDQVW UniProtKB: Bacteriophage phiJL001 Gp84 C-terminal domain-containing protein |
-分子 #3: Virion structural protein
分子 | 名称: Virion structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 62.163148 KDa |
配列 | 文字列: MATFPGFQVP KPVEGIVAGI TPNIDALELN QDISLAAVAA STWGGAYGAH QPVEVIHSTY QAVHQSALEE NYYNRLWLIP TAMELGNVV STQIRPASVW NAYFSPRTLT AIDREAADGI TLSGQASPPL GFAALEERTW TVSIGTDGPP VVNARIVWRL Q GEPNLVLV ...文字列: MATFPGFQVP KPVEGIVAGI TPNIDALELN QDISLAAVAA STWGGAYGAH QPVEVIHSTY QAVHQSALEE NYYNRLWLIP TAMELGNVV STQIRPASVW NAYFSPRTLT AIDREAADGI TLSGQASPPL GFAALEERTW TVSIGTDGPP VVNARIVWRL Q GEPNLVLV ITGNRIIAWT FAPDWGDSIV ERLSASTNIL QSESAVTQRR AMRLAPRREF DANMYAVDRE RQLLDMTLFG WG ARIWALP IWPDIQLLHQ PLAAGSLGIP CDTAGLDFRD GGLAMLRGED AFTYEVVEVK TVTASGLDLV RPVQAAWGTG SRL YPVRTA QLTEQPTLTR LTDTAQSARV SFLVMEPSAW PELMPATTYR GRPVLEQRPD ESEDLTSSYQ RLLSTLDNGS AIPR VTDVA GMALPVIGHR WIGMGRAERS AFRSLVYALR GQQKPLWVPT HADDLTLVAT VSQLSTALDV RNIGYARFAN GRPGR RDIR IELYDGTVYH RRILTSTELD ADTERVAIDA ALGRLVEPTD VARICFMALC SAASDVVEIE HVTDSEGVAT AALTFK GVR DDEF UniProtKB: Virion structural protein |
-分子 #4: DUF2793 domain-containing protein
分子 | 名称: DUF2793 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.578426 KDa |
配列 | 文字列: MTLYMGPNTG LLINGLPGEG HYSDLIRMWR WDDFLRQPVV KGRVATLPTT GQAEGDTYIF TGSGSNQNRL ARWWATGATT AIWEYMPPR LGWRVQVANE TTPSGQVKTY EYSGTAWVEL VGGMSDAPSD GKAYARESGA WTELGSAAKS ALNVLPFMNL M PDMGRFAG ...文字列: MTLYMGPNTG LLINGLPGEG HYSDLIRMWR WDDFLRQPVV KGRVATLPTT GQAEGDTYIF TGSGSNQNRL ARWWATGATT AIWEYMPPR LGWRVQVANE TTPSGQVKTY EYSGTAWVEL VGGMSDAPSD GKAYARESGA WTELGSAAKS ALNVLPFMNL M PDMGRFAG TAANPLATMF TTSWTPSSFL NGWNGATVAD GGKFAFDNST NGGAGPALNA RVQALLAAMG RTWTSVSRYG VE FFTAVLT AGSQTTTGSA GADGVTRYLC CSNGSKTVFN AGGWATVVMW LRVESGSAHI SSAPYTTHRL WINGAVAAPG VVL PANQWV HLRFSMQSYN GYDNACPYIY ASAGAQIAFA CPAWFGGLVD PGIHVAPILT INGASA UniProtKB: DUF2793 domain-containing protein |
-分子 #5: Tip attachment protein J domain-containing protein
分子 | 名称: Tip attachment protein J domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 79.898781 KDa |
配列 | 文字列: MGAKPKAQTV GWRYYFDIHF ALGKKVDEVC AIRASGKTAW KGSITSNGQV RINAPELFGG DKGEGGLDGT LDVLFGEEDQ GVLPRLAAM LGGLVPAFRG VTTCFYSGLV TSVNPYPKKW EILRRGGNRL WDGNPWYPEK QFVWLADGQI KAMNPAHILY L VYTGRDFR ...文字列: MGAKPKAQTV GWRYYFDIHF ALGKKVDEVC AIRASGKTAW KGSITSNGQV RINAPELFGG DKGEGGLDGT LDVLFGEEDQ GVLPRLAAM LGGLVPAFRG VTTCFYSGLV TSVNPYPKKW EILRRGGNRL WDGNPWYPEK QFVWLADGQI KAMNPAHILY L VYTGRDFR GLARTRMDEA SWRAAADTLY AEGFGLCFEW TRSDSFKNFC ETVKSHIGAE VYPNRQTGQI SIRLLRDDYN VA DLPLFDE DSGLLEITQE KTGSTSLAPS QLIVKYIDQI DGAQRQIIVN NNAVAASQGR RSSEEIEFLG VPTGELAGRV GER EMRLKT TGLKRYKGVF DRRARSLNPG QPFLIRSTPR GIPETVVRVG RIEDNFLGDG KITLTVVQDQ FNLPATTGVA PPPP GWTPP DRTPRAITVR RLIEAPYREL AGVIDPANLQ LLDVSASYLA ALAEAPTSLS QSYTLTDRVG SSGAFVDRGT GDWCP TGLL AAELPLAAGP NVVTLTNATR LEDVTVGQAA VVDDEIVRVD AVNYASGTVT LARGCADTVP AKHLAGARVW FYDTFE AVD ETVYSQGVTL QARLLTNTSE GQLAPALAAT DSLTLTGRQG KPYPPGQFRI NGSAYPTKVY GALSVSWAKR DRIGQAD QL IDTTVGNIGP EDGATVTLQV YSGTTLKRTY AGLTSSSWSY PLAEDMADGP LQDVRLVLRS VRDGIDSWQQ HDITIERH G LGFRLGEELG GVSA UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #6: Virion structural protein
分子 | 名称: Virion structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 35.014137 KDa |
配列 | 文字列: MATEFGTAVN HADLVERLVQ FLTASPDLVA AGQAYEKVFD NTIPASGTAI AVRQVTLRAP GLGGTDAIYM GIQSYGDTAL DYYNLRLMG GTAFNPGAIP PGGDYWTAFA NYSPRVQLLA WNQPMPYWFF ANGRRFWIVV KVSTIYESAG AGFILPPCPP S QYPYPLAV ...文字列: MATEFGTAVN HADLVERLVQ FLTASPDLVA AGQAYEKVFD NTIPASGTAI AVRQVTLRAP GLGGTDAIYM GIQSYGDTAL DYYNLRLMG GTAFNPGAIP PGGDYWTAFA NYSPRVQLLA WNQPMPYWFF ANGRRFWIVV KVSTIYESAG AGFILPPCPP S QYPYPLAV VGSYRGDVAT RWSDVSDRHR GISSPYERSC YLRDPAGRWL GFTVDGGAAN ESDYNNRTLL PLGCGRYAGS SD TVVKQLR DSFGKFPLKA LQFVTRETEG RRYLGDFDGA FYVPTLNSGA EDVIVEDGVD HVVFQTAWRS GNPWLYAIRK D UniProtKB: Virion structural protein |
-分子 #7: Virion structural protein
分子 | 名称: Virion structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 33.358809 KDa |
配列 | 文字列: MAYFTGTANN PADLLAKVRV HAESLGWVTD RASASEWLCH NADGYWSFNA GANQFQMAGN TGFDNSLAWN AQPGNSVQNN PYSSKGPTV AQLSGGPFTR YHLFATAAYL HLHVEIAAGQ FRPVMIGSLN KRGVGYTGGQ YVCGSFIYTP GQALTNNWSS H PFDGYHIQ ...文字列: MAYFTGTANN PADLLAKVRV HAESLGWVTD RASASEWLCH NADGYWSFNA GANQFQMAGN TGFDNSLAWN AQPGNSVQNN PYSSKGPTV AQLSGGPFTR YHLFATAAYL HLHVEIAAGQ FRPVMIGSLN KRGVGYTGGQ YVCGSFIYTP GQALTNNWSS H PFDGYHIQ YSNSSCMLRL DGLDGGPSPE WLPFDYTTNV PRRVVGPGRG NYSSQYHPDV GLIDASANEL NSSTTTVPCA IY AFGAQQR SRYVGEVPDF GICNMAFLAP GDPLVVGSDT WRVYPLLQRG TATDFDSTSA WVGYCFRVVE UniProtKB: Virion structural protein |
-分子 #8: Virion structural protein
分子 | 名称: Virion structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.983729 KDa |
配列 | 文字列: MAQETYFYGQ GEIDAAPIVN GVLGKWRWIQ DVSAMSIQLA VEKVEHKESY SGQKALVRSF PIGKTATVNI TLHSIGPDNL ALTLYGKVV AKAAGSVTGE VLPADLVAGD VIRLANFGVS ELVITDSASS PAPLDPQYYA LRADGAYGEV QLLGLPTPAP T QPFKAAYE ...文字列: MAQETYFYGQ GEIDAAPIVN GVLGKWRWIQ DVSAMSIQLA VEKVEHKESY SGQKALVRSF PIGKTATVNI TLHSIGPDNL ALTLYGKVV AKAAGSVTGE VLPADLVAGD VIRLANFGVS ELVITDSASS PAPLDPQYYA LRADGAYGEV QLLGLPTPAP T QPFKAAYE YAATKQVGMF TAPQPTVALR YKGINLAEGG APVIVELYKV ATDPLQELAL ISDGNTVAGM QISGGILLDT SK PDTGDLG RFGRIIQLG UniProtKB: Virion structural protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 10 mM NaCl, 10 mM MgSO4, 50 mM Tris-HCl | ||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solaris II | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting time 2, blotting force 0, waiting time 5. | ||||||||||||
詳細 | phage titer 10^11 PFU/ml |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12356 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 34.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | ![]() PDB-8rk3: |