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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19166 | |||||||||
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タイトル | Trimeric HSV-2G gB ectodomain in postfusion conformation with three bound HDIT102 Fab molecules. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ectodomain / post-fusion / fab molecule / trimeric / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endosome / host cell Golgi apparatus / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human herpesvirus 2 strain G (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Kalbermatter D / Seyfizadeh N / Imhof T / Ries M / Mueller C / Jenner L / Blumenschein E / Yendrzheyevskiy A / Moog K / Eckert D ...Kalbermatter D / Seyfizadeh N / Imhof T / Ries M / Mueller C / Jenner L / Blumenschein E / Yendrzheyevskiy A / Moog K / Eckert D / Engel R / Diebolder P / Chami M / Krauss J / Schaller T / Arndt M | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: J Biomed Sci / 年: 2024 タイトル: Development of a highly effective combination monoclonal antibody therapy against Herpes simplex virus. 著者: Narges Seyfizadeh / David Kalbermatter / Thomas Imhof / Moritz Ries / Christian Müller / Leonie Jenner / Elisabeth Blumenschein / Alexandra Yendrzheyevskiy / Frank Grün / Kevin Moog / ...著者: Narges Seyfizadeh / David Kalbermatter / Thomas Imhof / Moritz Ries / Christian Müller / Leonie Jenner / Elisabeth Blumenschein / Alexandra Yendrzheyevskiy / Frank Grün / Kevin Moog / Daniel Eckert / Ronja Engel / Philipp Diebolder / Mohamed Chami / Jürgen Krauss / Torsten Schaller / Michaela Arndt / 要旨: BACKGROUND: Infections with Herpes simplex virus (HSV)-1 or -2 usually present as mild chronic recurrent disease, however in rare cases can result in life-threatening conditions with a large spectrum ...BACKGROUND: Infections with Herpes simplex virus (HSV)-1 or -2 usually present as mild chronic recurrent disease, however in rare cases can result in life-threatening conditions with a large spectrum of pathology. Monoclonal antibody therapy has great potential especially to treat infections with virus resistant to standard therapies. HDIT101, a humanized IgG targeting HSV-1/2 gB was previously investigated in phase 2 clinical trials. The aim of this study was to develop a next-generation therapy by combining different antiviral monoclonal antibodies. 手法: A lymph-node derived phage display library (LYNDAL) was screened against recombinant gB from Herpes simplex virus (HSV) -1 and HDIT102 scFv was selected for its binding characteristics using ...手法: A lymph-node derived phage display library (LYNDAL) was screened against recombinant gB from Herpes simplex virus (HSV) -1 and HDIT102 scFv was selected for its binding characteristics using bio-layer interferometry. HDIT102 was further developed as fully human IgG and tested alone or in combination with HDIT101, a clinically tested humanized anti-HSV IgG, in vitro and in vivo. T-cell stimulating activities by antigen-presenting cells treated with IgG-HSV immune complexes were analyzed using primary human cells. To determine the epitopes, the cryo-EM structures of HDIT101 or HDIT102 Fab bound to HSV-1F as well as HSV-2G gB protein were solved at resolutions < 3.5 Å. RESULTS: HDIT102 Fab showed strong binding to HSV-1F gB with Kd of 8.95 × 10 M and to HSV-2G gB with Kd of 3.29 × 10 M. Neutralization of cell-free virus and inhibition of cell-to-cell ...RESULTS: HDIT102 Fab showed strong binding to HSV-1F gB with Kd of 8.95 × 10 M and to HSV-2G gB with Kd of 3.29 × 10 M. Neutralization of cell-free virus and inhibition of cell-to-cell spread were comparable between HDIT101 and HDIT102. Both antibodies induced internalization of gB from the cell surface into acidic endosomes by binding distinct epitopes in domain I of gB and compete for binding. CryoEM analyses revealed the ability to form heterogenic immune complexes consisting of two HDIT102 and one HDIT101 Fab bound to one gB trimeric molecule. Both antibodies mediated antibody-dependent phagocytosis by antigen presenting cells which stimulated autologous T-cell activation. In vivo, the combination of HDIT101 and HDIT102 demonstrated synergistic effects on survival and clinical outcome in immunocompetent BALB/cOlaHsd mice. CONCLUSION: This biochemical and immunological study showcases the potential of an effective combination therapy with two monoclonal anti-gB IgGs for the treatment of HSV-1/2 induced disease conditions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19166.map.gz | 8.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19166-v30.xml emd-19166.xml | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19166_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19166.png | 66.6 KB | ||
マスクデータ | emd_19166_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19166.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_19166_half_map_1.map.gz emd_19166_half_map_2.map.gz | 80.7 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19166 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19166 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19166_validation.pdf.gz | 705.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19166_full_validation.pdf.gz | 705.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19166_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19166_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19166 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19166 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19166.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2876 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19166_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19166_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19166_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Trimeric HSV-2G gB ectodomain in post-fusion conformation with th...
全体 | 名称: Trimeric HSV-2G gB ectodomain in post-fusion conformation with three bound HDIT101 Fab molecules |
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要素 |
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-超分子 #1: Trimeric HSV-2G gB ectodomain in post-fusion conformation with th...
超分子 | 名称: Trimeric HSV-2G gB ectodomain in post-fusion conformation with three bound HDIT101 Fab molecules タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 523 KDa |
-分子 #1: Envelope glycoprotein B
分子 | 名称: Envelope glycoprotein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 2 strain G (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 79.378227 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AAPAAPRASG GVAATVAANG GPASRPPPVP SPATTRARKR KTKKPPERPE ATPPPDANAT VAAGHATLRA HLREIKVENA DAQFYVCPP PTGATVVQFE QPRRCPTRPE GQNYTEGIAV VFKENIAPYK FKATMYYKDV TVSQVWFGHR YSQFMGIFED R APVPFEEV ...文字列: AAPAAPRASG GVAATVAANG GPASRPPPVP SPATTRARKR KTKKPPERPE ATPPPDANAT VAAGHATLRA HLREIKVENA DAQFYVCPP PTGATVVQFE QPRRCPTRPE GQNYTEGIAV VFKENIAPYK FKATMYYKDV TVSQVWFGHR YSQFMGIFED R APVPFEEV IDKINAKGVC RSTAKYVRNN METTAFHRDD HETDMELKPA KVATRTSRGW HTTDLKYNPS RVEAFHRYGT TV NCIVEEV DARSVYPYDE FVLATGDFVY MSPFYGYREG SHTEHTSYAA DRFKQVDGFY ARDLTTKARA TSPTTRNLLT TPK FTVAWD WVPKRPAVCT MTKWQEVDEM LRAEYGGSFR FSSDAISTTF TTNLTQYSLS RVDLGDCIGR DAREAIDRMF ARKY NATHI KVGQPQYYLA TGGFLIAYQP LLSNTLAELY VREYMREQDR KPRNATPAPL REAPSANASV ERIKTTSSIE FARLQ FTYN HIQRHVNDML GRIAVAWCEL QNHELTLWNE ARKLNPNAIA SATVGRRASA RMLGDVMAVS TCVPVAPDNV IVQNSM RVS SRPGTCYSRP LVSFRYEDQG PLIEGQLGEN NELRLTRDAL EPCTVGHRRY FIFGGGYVYF EEYAYSHQLS RADVTTV ST FIDLNITMLE DHEFVPLEVY TRHEIKDSGL LDYTEVQRRN QLHDLRFADI DTVIRADANA A UniProtKB: Envelope glycoprotein B |
-分子 #2: HDIT102 Fab heavy chain
分子 | 名称: HDIT102 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.310387 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVQSGAE VKTPGASVRV SCKASGHTFR TFDINWVRQA AGQGLEWMGW MSPNSGNTGY ARQFQGRVTM TRNISANTAY MELRGLRFD DTAVYYCARG PGSTGTTGSM DVWGQGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列: EVQLVQSGAE VKTPGASVRV SCKASGHTFR TFDINWVRQA AGQGLEWMGW MSPNSGNTGY ARQFQGRVTM TRNISANTAY MELRGLRFD DTAVYYCARG PGSTGTTGSM DVWGQGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HTCPPCPAPE LL GGPSVFL FPPKPKDTLM ISRTPEVTCV VVDVSHEDPE VKFNWYVDGV EVHNAKTKPR EEQYNSTYRV VSVLTVLHQD WLN GKEYKC KVSNKALPAP IEKTISKAKG QPREPQVYTL PPSRDELTKN QVSLTCLVKG FYPSDIAVEW ESNGQPENNY KTTP PVLDS DGSFFLYSKL TVDKSRWQQG NVFSCSVMHE ALHNHYTQKS LSLSPGK |
-分子 #3: HDIT102 Fab light chain
分子 | 名称: HDIT102 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.403775 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QAGLTQPPSV SVAPGKTARI SCGGNNIGSK SVHWYQQKPG QAPVLVIYYD SDRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSGSVVFGG GTKLTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS ...文字列: QAGLTQPPSV SVAPGKTARI SCGGNNIGSK SVHWYQQKPG QAPVLVIYYD SDRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSGSVVFGG GTKLTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS NNKYAASSYL SLTPEQWKSH RSYSCQVTHE GSTVEKTVAP TECS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17039 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 1.256 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |