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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19006 | |||||||||
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タイトル | Lysosomal peptide transporter | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | MFS transporter / MFSD family / nutrition transporter / lysosomal transporter / outward open / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to lysosome / transmembrane transporter activity / リソソーム / protein stabilization / lysosomal membrane / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Jungnickel KEJ / Loew C | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2024 タイトル: MFSD1 with its accessory subunit GLMP functions as a general dipeptide uniporter in lysosomes. 著者: Katharina Esther Julia Jungnickel / Océane Guelle / Miharu Iguchi / Wentao Dong / Vadim Kotov / Florian Gabriel / Cécile Debacker / Julien Dairou / Isabelle McCort-Tranchepain / Nouf N ...著者: Katharina Esther Julia Jungnickel / Océane Guelle / Miharu Iguchi / Wentao Dong / Vadim Kotov / Florian Gabriel / Cécile Debacker / Julien Dairou / Isabelle McCort-Tranchepain / Nouf N Laqtom / Sze Ham Chan / Akika Ejima / Kenji Sato / David Massa López / Paul Saftig / Ahmad Reza Mehdipour / Monther Abu-Remaileh / Bruno Gasnier / Christian Löw / Markus Damme / 要旨: The lysosomal degradation of macromolecules produces diverse small metabolites exported by specific transporters for reuse in biosynthetic pathways. Here we deorphanized the major facilitator ...The lysosomal degradation of macromolecules produces diverse small metabolites exported by specific transporters for reuse in biosynthetic pathways. Here we deorphanized the major facilitator superfamily domain containing 1 (MFSD1) protein, which forms a tight complex with the glycosylated lysosomal membrane protein (GLMP) in the lysosomal membrane. Untargeted metabolomics analysis of MFSD1-deficient mouse lysosomes revealed an increase in cationic dipeptides. Purified MFSD1 selectively bound diverse dipeptides, while electrophysiological, isotope tracer and fluorescence-based studies in Xenopus oocytes and proteoliposomes showed that MFSD1-GLMP acts as a uniporter for cationic, neutral and anionic dipeptides. Cryoelectron microscopy structure of the dipeptide-bound MFSD1-GLMP complex in outward-open conformation characterized the heterodimer interface and, in combination with molecular dynamics simulations, provided a structural basis for its selectivity towards diverse dipeptides. Together, our data identify MFSD1 as a general lysosomal dipeptide uniporter, providing an alternative route to recycle lysosomal proteolysis products when lysosomal amino acid exporters are overloaded. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19006.map.gz | 97.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19006-v30.xml emd-19006.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_19006.png | 50.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19006.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_19006_half_map_1.map.gz emd_19006_half_map_2.map.gz | 95.6 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19006 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19006 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r8qMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19006.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19006_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19006_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GLMP-MFSD1
全体 | 名称: GLMP-MFSD1 |
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要素 |
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-超分子 #1: GLMP-MFSD1
超分子 | 名称: GLMP-MFSD1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Major facilitator superfamily domain-containing protein 1
分子 | 名称: Major facilitator superfamily domain-containing protein 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 55.765551 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEDEDGEDRA LLGGRREADS AVHGAPRALS ALCDPSRLAH RLVVLSLMCF LGFGSYFCYD NPAALQTQVK RDMQVNTTKF MLLYAWYSW PNVVLCFLGG FLIDRIFGIR WGTVIFSCFV CIGQVIFALG GIFNAFWLME LGRFVFGIGG ESLAVAQNTY A VSWFKGKE ...文字列: MEDEDGEDRA LLGGRREADS AVHGAPRALS ALCDPSRLAH RLVVLSLMCF LGFGSYFCYD NPAALQTQVK RDMQVNTTKF MLLYAWYSW PNVVLCFLGG FLIDRIFGIR WGTVIFSCFV CIGQVIFALG GIFNAFWLME LGRFVFGIGG ESLAVAQNTY A VSWFKGKE LNLVFGLQLS MARIGSTVNM NLMGWLYGKI EALLGSAGHM TLGVTLMIGC ITCIFSLICA LALAYLDRRA EK ILHKEQG KTGEVIKLRD IKDFSLPLIL VFVICVCYYV AVFPFIGLGK VFFMEKFRFS SQSASAINSI VYIISAPMSP LFG LLVDKT GKNIIWVLYA VAATLVSHMM LAFTFWNPWI AMCLLGFSYS LLACALWPMV AFIVPEHQLG TAYGFMQSIQ NLGL AVIAI LAGMILDSKG YLLLEVFFIA CVSLSLLAVV CLYLVNRAQG GNLNYSAKQR ERMKLSHPEI IILEVLFQGP SSGWS HPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EK UniProtKB: Major facilitator superfamily domain-containing protein 1 |
-分子 #2: Glycosylated lysosomal membrane protein
分子 | 名称: Glycosylated lysosomal membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 43.102711 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFRCWGPHWG WVPCAPTPWL LLSLLVCSAP FGLQGEETRQ VSMEVISGWP NPQNLLHIRA VGSNSTLHYV WSSLGPPAVV LVATNTTQS VLSVNWSLLL SPDPAGALMV LPKSSIQFSS ALVFTRLLEF DSTNASEGAQ PPGKPYPPYS LAKFSWNNIT N SLDLANLS ...文字列: MFRCWGPHWG WVPCAPTPWL LLSLLVCSAP FGLQGEETRQ VSMEVISGWP NPQNLLHIRA VGSNSTLHYV WSSLGPPAVV LVATNTTQS VLSVNWSLLL SPDPAGALMV LPKSSIQFSS ALVFTRLLEF DSTNASEGAQ PPGKPYPPYS LAKFSWNNIT N SLDLANLS ADFQGRPVDD PTGAFANGSL TFKVQAFSRS GRPAQPPRLL HTADVCQLEV ALVGASPRGN HSLFGLEVAT LG QGPDCPS VNERNSIDDE YAPAVFQLNQ LLWGSSPSGF MQWRPVAFSE EERARESALP CQASTLHSTL ASSLPHSPIV QAF FGSQNN FCAFNLTFGA PTGPGYWDQY YLCWSMLLGM GFPPVDIFSP LVLGIMAVAL GAPGLMFLGG GLFLLGSAGS AAGS GEF UniProtKB: Glycosylated lysosomal membrane protein |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.33 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3193 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 400191 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | PDB-8r8q: |