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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18956 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Mycobacterium smegnatis RNA polymerase RP2-like transcription initiation complex with SigmaA, RbpA, HelD N-terminal domain and open promoter DNA | ||||||||||||||||||
マップデータ | Loc-Scale filtered | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | HelD / RNA polymerase / transcription initiation / Mycobacteria / TRANSCRIPTION / rifampicin resistance | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA helicase complex / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...DNA helicase complex / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / hydrolase activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Koval T / Krasny L / Dohnalek J / Kouba T | ||||||||||||||||||
資金援助 | チェコ, European Union, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Molecular insights into RNA polymerase recycling by mycobacterial HelD 著者: Koval T / Dohnalek L / Libor K / Kouba T | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18956.map.gz | 88.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18956-v30.xml emd-18956.xml | 29.6 KB 29.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18956_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18956.png | 101.9 KB | ||
マスクデータ | emd_18956_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18956.cif.gz | 8.8 KB | ||
その他 | emd_18956_additional_1.map.gz emd_18956_half_map_1.map.gz emd_18956_half_map_2.map.gz | 165.6 MB 140.7 MB 140.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18956 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18956 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18956_validation.pdf.gz | 772.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18956_full_validation.pdf.gz | 771.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18956_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18956_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18956 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18956 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r6pMC 8q3iC 8qn8C 8qtiC 8qu6C 8r2mC 8r3mC 8r6rC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18956.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Loc-Scale filtered | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8336 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18956_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RELION post-processed
ファイル | emd_18956_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION post-processed | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18956_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18956_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Mycobacterium smegnatis RNA polymerase RP2-like transcription ini...
+超分子 #1: Mycobacterium smegnatis RNA polymerase RP2-like transcription ini...
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: RNA polymerase sigma factor SigA
+分子 #4: Helicase
+分子 #5: RNA polymerase-binding protein RbpA
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #8: DNA 50-MER
+分子 #9: DNA 50-MER
+分子 #10: ZINC ION
+分子 #11: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |