+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18791 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Capsid structure of Giardiavirus (GLV) HP strain | ||||||||||||
マップデータ | Full 3D reconstruction of GLV-HP capsid. | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | Giardia parasite / dsRNA virus / capsid structure / cryo / Totiviridae / Giardia lambia virus (GLV) / VIRUS (ウイルス) | ||||||||||||
機能・相同性 | カプシド 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Giardia lamblia virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang H / Gianluca M / Munke A / Hassan MM / Lalle M / Okamoto K | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, ノルウェー, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Capsid structure of Giardiavirus (GLV) HP strain 著者: Wang H / Gianluca M / Munke A / Hassan MM / Lalle M / Okamoto K | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18791.map.gz | 936.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-18791-v30.xml emd-18791.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18791.png | 249.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18791.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_18791_half_map_1.map.gz emd_18791_half_map_2.map.gz | 925 MB 925 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18791 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18791 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r0fMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Full 3D reconstruction of GLV-HP capsid. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half map A of the 3D reconstruction of GLV-HP capsid.
ファイル | emd_18791_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map A of the 3D reconstruction of GLV-HP capsid. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of the 3D reconstruction of GLV-HP capsid.
ファイル | emd_18791_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map B of the 3D reconstruction of GLV-HP capsid. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Giardia lamblia virus
全体 | 名称: Giardia lamblia virus (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Giardia lamblia virus
超分子 | 名称: Giardia lamblia virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: GLV isolated from Giardia duodenalis isolates HP-1 from a human patient. NCBI-ID: 29255 / 生物種: Giardia lamblia virus / Sci species strain: HP-1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) / 株: HP-1 |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 450.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Giardia lamblia virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 103.48132 KDa |
配列 | 文字列: PENITFDTLN TQNDHEETYG ESPEVPKASI APAGRQNVPV LQQNQENEDN HALGGSEDAK DEREIQSSAI KTLYNYYSEG PSTPIMPHL VNRLRGLDAL AKVDATLSKV DMNAAYIFAL RPTFPYSYGY KQRFSNRRLT TSALCYARTG LSSFLTVDKT Y TSNSPLKG ...文字列: PENITFDTLN TQNDHEETYG ESPEVPKASI APAGRQNVPV LQQNQENEDN HALGGSEDAK DEREIQSSAI KTLYNYYSEG PSTPIMPHL VNRLRGLDAL AKVDATLSKV DMNAAYIFAL RPTFPYSYGY KQRFSNRRLT TSALCYARTG LSSFLTVDKT Y TSNSPLKG GSRGWPIFNV GVSPHVAEPH MRTLSPIGLE VFNLATSQFS KTLLTASSKV FTQSLYTADI LSIFGEVFLP HV MQPVSNY TPILVRALLA LIHILGSGSG NCSLSSSIFE SSIPQFLTIS HSTNMSNRTR YCLHTWSAYK DMFRNGIPPQ STF PPTLAP EGSSARILIP AALVTSPMFP WLLVLVSSGP QFFLYSKDAS INTVDIGSRG RITSPIPDVA HLDLHRLWNL FRFD GYRYI DVVIVGVDRD YVWPYQNGVY VHGGKGPKGT DNYENADVHD GIGTIFSSFN NNVNVQTSDL LLGLSTLWNH ITTTY ATEE EVTMAIKIAA AFALVYPVQP IVYSGCSRAL YNHTSYFQPS SENCYTTDTA EVKSTWDTVE LSVQVNNAMV LGMTLP FGQ PTVSSAQWFN NIDKAEISMF KVGNLPLQNL DYLSLDMMEF YAPTTGQLYD IRSDSLISSA HRTVNLGIGY TALADFF AY LASVPAQSFY HNRMVTSPIS KQAYSVYERF IERFIDDFVG WGRCDLFNLD TLLGAKRIAG VASSPIPWHC SLQRCPLP I IMHYTGLHFG QEHIRVRDVA GVEGLQQIVL RNDQGSIVLD ALGTAAPSRL AVKLDWSRLS AWYSDTTCAI PISDRVMEI VNYAAIWDPT QERRATGFVY TYFSPNFLSS FNVSEPIFNK TINLTPPYDD TSQTVIQNLS MPQMLSFDPY YESTFYVVSA DNEWVPTSG PAWKVPYLEN VVKRSGRRLL AELRIASNNG SGDRTFLDDV UniProtKB: カプシド |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 1 x PBS (-) |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Purified GLV-HP particles |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28342 |