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- EMDB-18701: Endosomal membrane tethering complex CORVET -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18701
タイトルEndosomal membrane tethering complex CORVET
マップデータCORVET composite map and associated molecular model
試料
  • 複合体: Endosomal membrane tethering complex CORVET
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 33
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 16
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar membrane protein PEP3
キーワードCORVET / membrane fusion / endosome / Rab GTPase / tethering / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


histone catabolic process / organelle fusion / endosomal vesicle fusion / regulation of SNARE complex assembly / CORVET complex / HOPS complex / vesicle tethering / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance / vacuole fusion, non-autophagic ...histone catabolic process / organelle fusion / endosomal vesicle fusion / regulation of SNARE complex assembly / CORVET complex / HOPS complex / vesicle tethering / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance / vacuole fusion, non-autophagic / vesicle fusion with vacuole / Golgi to endosome transport / Golgi to vacuole transport / vesicle docking / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / endosome organization / vacuole organization / protein targeting to vacuole / late endosome to vacuole transport / Golgi stack / piecemeal microautophagy of the nucleus / fungal-type vacuole / vesicle docking involved in exocytosis / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / endosomal transport / lysosome organization / endosome to lysosome transport / protein-membrane adaptor activity / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / RING-type E3 ubiquitin transferase / autophagy / endocytosis / ubiquitin protein ligase activity / late endosome / GTPase binding / protein-macromolecule adaptor activity / actin binding / early endosome membrane / endosome / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 8, central domain / Golgi CORVET complex core vacuolar protein 8 / Vacuolar protein sorting-associated protein Vps41/Vps8 / Pep3/Vps18/deep orange / Vacuolar protein sorting-associated protein 11 / Vacuolar protein sorting protein 11, C-terminal / Pep3/Vps18/deep orange beta-propeller domain / Vacuolar protein sorting protein 11 C terminal / Vam6/VPS39/TRAP1 family / Vps16, C-terminal ...Vacuolar protein sorting-associated protein 8, central domain / Golgi CORVET complex core vacuolar protein 8 / Vacuolar protein sorting-associated protein Vps41/Vps8 / Pep3/Vps18/deep orange / Vacuolar protein sorting-associated protein 11 / Vacuolar protein sorting protein 11, C-terminal / Pep3/Vps18/deep orange beta-propeller domain / Vacuolar protein sorting protein 11 C terminal / Vam6/VPS39/TRAP1 family / Vps16, C-terminal / Vps16, N-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / Vps16, C-terminal domain superfamily / Vps16, C-terminal region / Vps16, N-terminal region / Vacuolar protein sorting-associated protein 33, domain 3b / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like, domain 3a / Sec1-like protein / Sec1-like superfamily / Sec1 family / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Ring finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase PEP5 / Vacuolar protein sorting-associated protein 33 / Vacuolar protein sorting-associated protein 3 / Vacuolar membrane protein PEP3 / Vacuolar protein sorting-associated protein 8 / Vacuolar protein sorting-associated protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Shvarev D / Ungermann C / Moeller A / Langemeyer L / Walter S / Perz A / Froehlich F
資金援助 ドイツ, 6件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)UN111/5-6 ドイツ
German Research Foundation (DFG)MO2752/3-6 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 944 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 1557 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST190/196-1 FUGG ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchDLR 01ED2010 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of the endosomal CORVET tethering complex.
著者: Dmitry Shvarev / Caroline König / Nicole Susan / Lars Langemeyer / Stefan Walter / Angela Perz / Florian Fröhlich / Christian Ungermann / Arne Moeller /
要旨: Cells depend on their endolysosomal system for nutrient uptake and downregulation of plasma membrane proteins. These processes rely on endosomal maturation, which requires multiple membrane fusion ...Cells depend on their endolysosomal system for nutrient uptake and downregulation of plasma membrane proteins. These processes rely on endosomal maturation, which requires multiple membrane fusion steps. Early endosome fusion is promoted by the Rab5 GTPase and its effector, the hexameric CORVET tethering complex, which is homologous to the lysosomal HOPS. How these related complexes recognize their specific target membranes remains entirely elusive. Here, we solve the structure of CORVET by cryo-electron microscopy and revealed its minimal requirements for membrane tethering. As expected, the core of CORVET and HOPS resembles each other. However, the function-defining subunits show marked structural differences. Notably, we discover that unlike HOPS, CORVET depends not only on Rab5 but also on phosphatidylinositol-3-phosphate (PI3P) and membrane lipid packing defects for tethering, implying that an organelle-specific membrane code enables fusion. Our data suggest that both shape and membrane interactions of CORVET and HOPS are conserved in metazoans, thus providing a paradigm how tethering complexes function.
履歴
登録2023年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18701.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CORVET composite map and associated molecular model
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.037 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.32
最小 - 最大-0.053855367 - 1.9892938
平均 (標準偏差)0.009227127 (±0.022777678)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 814.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Endosomal membrane tethering complex CORVET

全体名称: Endosomal membrane tethering complex CORVET
要素
  • 複合体: Endosomal membrane tethering complex CORVET
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 33
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 16
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar membrane protein PEP3

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超分子 #1: Endosomal membrane tethering complex CORVET

超分子名称: Endosomal membrane tethering complex CORVET / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 8

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 148.102172 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MEQNGLDHDS RSSIDTTIND TQKTFLEFRS YTQLSEKLAS SSSYTAPPLN EDGPKGVASA VSQGSESVVS WTTLTHVYSI LGAYGGPTC LYPTATYFLM GTSKGCVLIF NYNEHLQTIL VPTLSEDPSI HSIRSPVKSI VICSDGTHVA ASYETGNICI W NLNVGYRV ...文字列:
MEQNGLDHDS RSSIDTTIND TQKTFLEFRS YTQLSEKLAS SSSYTAPPLN EDGPKGVASA VSQGSESVVS WTTLTHVYSI LGAYGGPTC LYPTATYFLM GTSKGCVLIF NYNEHLQTIL VPTLSEDPSI HSIRSPVKSI VICSDGTHVA ASYETGNICI W NLNVGYRV KPTSEPTNGM TPTPALPAVL HIDDHVNKEI TGLDFFGARH TALIVSDRTG KVSLYNGYRR GFWQLVYNSK KI LDVNSSK EKLIRSKLSP LISREKISTN LLSVLTTTHF ALILLSPHVS LMFQETVEPS VQNSLVVNSS ISWTQNCSRV AYS VNNKIS VISISSSDFN VQSASHSPEF AESILSIQWI DQLLLGVLTI SHQFLVLHPQ HDFKILLRLD FLIHDLMIPP NKYF VISRR SFYLLTNYSF KIGKFVSWSD ITLRHILKGD YLGALEFIES LLQPYCPLAN LLKLDNNTEE RTKQLMEPFY NLSLA ALRF LIKKDNADYN RVYQLLMVVV RVLQQSSKKL DSIPSLDVFL EQGLEFFELK DNAVYFEVVA NIVAQGSVTS ISPVLF RSI IDYYAKEENL KVIEDLIIML NPTTLDVDLA VKLCQKYNLF DLLIYIWNKI FDDYQTPVVD LIYRISNQSE KCVIFNG PQ VPPETTIFDY VTYILTGRQY PQNLSISPSD KCSKIQRELS AFIFSGFSIK WPSNSNHKLY ICENPEEEPA FPYFHLLL K SNPSRFLAML NEVFEASLFN DDNDMVASVG EAELVSRQYV IDLLLDAMKD TGNSDNIRVL VAIFIATSIS KYPQFIKVS NQALDCVVNT ICSSRVQGIY EISQIALESL LPYYHSRTTE NFILELKEKN FNKVLFHIYK SENKYASALS LILETKDIEK EYNTDIVSI TDYILKKCPP GSLECGKVTE VIETNFDLLL SRIGIEKCVT IFSDFDYNLH QEILEVKNEE TQQKYLDKLF S TPNINNKV DKRLRNLHIE LNCKYKSKRE MILWLNGTVL SNAESLQILD LLNQDSNFEA AAIIHERLES FNLAVRDLLS FI EQCLNEG KTNISTLLES LRRAFDDCNS AGTEKKSCWI LLITFLITLY GKYPSHDERK DLCNKLLQEA FLGLVRSKSS SQK DSGGEF WEIMSSVLEH QDVILMKVQD LKQLLLNVFN TYKLERSLSE LIQKIIEDSS QDLVQQYRKF LSEGWSIHTD DCEI CGKKI WGAGLDPLLF LAWENVQRHQ DMISVDLKTP LVIFKCHHGF HQTCLENLAQ KPDEYSCLIC QTESNPKIVD YKDDD DKDY KDDDDKDYKD DDDK

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 8

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分子 #2: Vacuolar protein sorting-associated protein 33

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 79.354977 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNRFWNTKKF SLTNADGLCA TLNEISQNDE VLVVQPSVLP VLNSLLTFQD LTQSTPVRKI TLLDDQLSDD LPSALGSVPQ MDLIFLIDV RTSLRLPPQL LDAAQKHNLS SLHIIYCRWK PSFQNTLEDT EQWQKDGFDL NSKKTHFPNV IESQLKELSN E YTLYPWDL ...文字列:
MNRFWNTKKF SLTNADGLCA TLNEISQNDE VLVVQPSVLP VLNSLLTFQD LTQSTPVRKI TLLDDQLSDD LPSALGSVPQ MDLIFLIDV RTSLRLPPQL LDAAQKHNLS SLHIIYCRWK PSFQNTLEDT EQWQKDGFDL NSKKTHFPNV IESQLKELSN E YTLYPWDL LPFPQIDENV LLTHSLYNME NVNMYYPNLR SLQSATESIL VDDMVNSLQS LIFETNSIIT NVVSIGNLSK RC SHLLKKR IDEHQTENDL FIKGTLYGER TNCGLEMDLI ILERNTDPIT PLLTQLTYAG ILDDLYEFNS GIKIKEKDMN FNY KEDKIW NDLKFLNFGS IGPQLNKLAK ELQTQYDTRH KAESVHEIKE FVDSLGSLQQ RQAFLKNHTT LSSDVLKVVE TEEY GSFNK ILELELEILM GNTLNNDIED IILELQYQYE VDQKKILRLI CLLSLCKNSL REKDYEYLRT FMIDSWGIEK CFQLE SLAE LGFFTSKTGK TDLHITTSKS TRLQKEYRYI SQWFNTVPIE DEHAADKITN ENDDFSEATF AYSGVVPLTM RLVQML YDR SILFHNYSSQ QPFILSREPR VSQTEDLIEQ LYGDSHAIEE SIWVPGTITK KINASIKSNN RRSIDGSNGT FHAAEDI AL VVFLGGVTMG EIAIMKHLQK ILGKKGINKR FIIIADGLIN GTRIMNSIS

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 33

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分子 #3: Vacuolar protein sorting-associated protein 16

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 92.857 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKNPSFDWER LKDVFYRSRA IGELKWPTQY EEFKCALSLT VIAVEIQDFI QVYNYFGQLL GKINLQRIHE DIIKFEFDKD EKLILVTKS SIKIVKGWSP LTIESVPLQD PTIDTIWDYH NGIMLLAKSR DIYKLNGNEW ELLYENKDKK YNLLTKNHWS C NDDSIILL ...文字列:
MKNPSFDWER LKDVFYRSRA IGELKWPTQY EEFKCALSLT VIAVEIQDFI QVYNYFGQLL GKINLQRIHE DIIKFEFDKD EKLILVTKS SIKIVKGWSP LTIESVPLQD PTIDTIWDYH NGIMLLAKSR DIYKLNGNEW ELLYENKDKK YNLLTKNHWS C NDDSIILL DVDHVYQVST SNGALLKLIT DSSWHKVTIS SRGFICLYNM KDNKLQIFRD PARILMEHNL DSTPDDICWC GN DTVACSF EDEIKLYGPD GLYVTFWYPF TVTNLRAEVD GLKVITTEKI YFLSRVQPQT SNIFRIGSTE PGAMLVDSFS LLE DHAPKA IEILKNFVLE KGVLDCIAAA IDEFEPKLQK MLLNAASYGK ASLQYKSFDA SIFVNACNTI KLLNCFRSFG IFLT VEEYR CISLKGVIDR LLKYHRYYEC IQICKLANER FLLGYVFTEW AKDKIKGSPD MEDDELLDKI KSRLSVIDMT DTLQM VAVA KVAYLEGRFQ LSRNLALLEK NEEARIEQLY NLDDDSIALK ECIKVQNYSL TISLLIALSK KLTNSQLTKL LIIDMF NNP LYLYYMRMDK AYLYDFYRQT DRFIDLAHVL LQQGKEQQSL HSFLPQIKDL YSQVQNSEVV NNTIEQLQRQ EKLWIYQ ES LGKRFAISFT NMTLDQTLSK LIETGQDKQV KEIVKKFKIS EKKLYHLKCK TLVEAKKFDE LLQFAQSRKS PIGYMPFY T YLKSRGHMDK ASPYVNMIPG LSYQEKKKLY VECRGFRDAI QLAGKEKDIP GLKEIYNIIP PNEPELKALA NETMSRI

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 16

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分子 #4: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 117.617219 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLSSWRQFQ LFENIPIRDP NFGGDSLLYS DPTLCAATIV DPQTLIIAVN SNIIKVVKLN QSQVIHEFQS FPHDFQITFL KVINGEFLV ALAESIGKPS LIRVYKLEKL PNREQLYHSQ VELKNGNNTY PISVVSISND LSCIVVGFIN GKIILIRGDI S RDRGSQQR ...文字列:
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UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5

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分子 #5: Vacuolar protein sorting-associated protein 3

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 117.069008 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVKKKTNNDK GKEVKENEGK LDIDSESSPH ERENDKKKTE DDSLRATESE ETNTHNANPN ETVRADKFSQ EESRPIEDSP HTDKNTAQE SCQPSSAEDN VINTDITSLN EKTSTNDEQE KGLPLKISEG PFTISTLLDN VPSDLIYTCC EAYENHIFLG T TTGDLLHY ...文字列:
MVKKKTNNDK GKEVKENEGK LDIDSESSPH ERENDKKKTE DDSLRATESE ETNTHNANPN ETVRADKFSQ EESRPIEDSP HTDKNTAQE SCQPSSAEDN VINTDITSLN EKTSTNDEQE KGLPLKISEG PFTISTLLDN VPSDLIYTCC EAYENHIFLG T TTGDLLHY FELERGNYML VSQTKFDAES NSKIDKILLL PKVEGALILC DNELVLFILP EFAPRPNTTR LKGISDVVIC NF SRSSKAY RIYAFHAEGV RLLKISADSL VLTKAFNFKL IDKACAHEET LMVSKLNSYE LINLKSSQVI PLFRISETDE DLE PIITSF NEQSEFLVCS GGGSYDSGAM ALVVNHHGDI IKGTIVLKNY PRNVIVEFPY IIAESAFQSV DIYSALPSEK SQLL QSITT SGSDLKISKS DNVFTNTNNS EEFKEKIFNK LRLEPLTHSD NKFRIERERA FVEESYEEKT SLIVYNNLGI HLLVP TPMV LRFTSCEESE IDNIEDQLKK LAKKDLTKFE HIEAKYLMSL LLFLMTLHYD HIEDEVMKKW CDFSDKVDIR ILFYMF GWK VYSEIWCFHG LINIVERLKS LKLTNKCENI LKMLLMMKNE LKKKNKTGLL TNDFDDIMKT IDITLFKLRL EKKETIT VD MFERESYDEI IREINLHDDK LPRIELLIEI YKEKGEYLKA LNLLREAGDY ISLVSFIEEN LKKLPEDYIK ERIADDLL L TLKQGDENTE ECAIKKVLKI LDMACINKND FLNKIPAEET SLKVSFIEQL GVQNSNDSKF LFNYYLAKLR EIINQSNIW SILGDFIKEY KDDFAYDKTD ITNFIHIKLK HSLQCENFSK YYEKCENLKS ENEKDDEFIN FTFDEISKID KEHILTLLFF PNELTNWVS SEELLKIYLS FNDFRSVEKY IGKQNLVAVM KQYLDISSLN YSVELVTNLL QRNFELLDDT DIQLKILETI P SVFPVQTI SELLLKVLIK YQEKKEESNL RKCLLKNQIS ISDELSRNFD SQG

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 3

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分子 #6: Vacuolar membrane protein PEP3

分子名称: Vacuolar membrane protein PEP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 107.531047 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MIKTRIEEVQ LQFLTGNTEL THLKVSNDQL IVTTQRTIYR INLQDPAIVN HFDCPLSKEL ETIMNVHVSP MGSVILIRTN FGRYMLLKD GEFTQLNKIK NLDLSSLHWI NETTFLMGIK KTPKLYRVEL TGKDITTKLW YENKKLSGGI DGIAYWEGSL L LTIKDNIL ...文字列:
MIKTRIEEVQ LQFLTGNTEL THLKVSNDQL IVTTQRTIYR INLQDPAIVN HFDCPLSKEL ETIMNVHVSP MGSVILIRTN FGRYMLLKD GEFTQLNKIK NLDLSSLHWI NETTFLMGIK KTPKLYRVEL TGKDITTKLW YENKKLSGGI DGIAYWEGSL L LTIKDNIL YWRDVTNMKF PLVLPDESEQ FERLKHHAIK KFDSYNGLFA WVTSNGIVFG DLKEKQMEKD PASNNFGKFL SS SKVLLNF ELPDYQNDKD HLIKDIVLTA FHILLLRKNT VTMVSQLNND VVFHETIPRH QLTGSNTDSN EKFLGLVRDS VKE TFWCFS NINVFEIIIE NEPNSVWNLL VRDNKFDKAL SLKGLTVREI ESVKLSKAMY LFHTAKDFHS AAQTLGSMKD LSHF GEIAL NFLQIKDYND LNVILIKQLD NVPWKSTQVV LSSWIIWNFM KQLNDIELKI NTTKPASTDE DNLLNWNLNL KEKSN ELTK FLESHLEKLD NETVYQIMSK QNRQNELLIF ASLINDMKFL LSFWIDQGNW YESLKILLTI NNHDLVYKYS LILLLN SPE ATVSTWMKIK DLDPNKLIPT ILKFFTNWQN NSKLITNISE YPENYSLTYL KWCVREVPKM CNPIVYNSIL YMMITDP RN DMILENDIIK FMKSNENKYD LNFQLRLSLK FKKTKTSIFL LTRLNLFEDA IDLALKNNLI DDCKVIVNDE ILIEDYKL R KRLWLKIAKH LLLSMKDIDI KQLIRTILND SNEILTIKDL LPFFNEYTTI ANLKEELIKF LENHNMKMNE ISEDIINSK NLKVEINTEI SKFNEIYRIL EPGKSCDECG KFLQIKKFIV FPCGHCFHWN CIIRVILNSN DYNLRQKTEN FLKAKSKHNL NDLENIIVE KCGLCSDINI NKIDQPISID ETELAKWNE

UniProtKB: Vacuolar membrane protein PEP3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 219391
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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