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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of stably reduced Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase in complex with NADH | |||||||||
![]() | B-factor sharpened map used for atomic model building and figures. | |||||||||
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![]() | NADPH oxidase / ROS producing / flavoprotein / heme protein / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å | |||||||||
![]() | Dubach VRA / San Segundo-Acosta P / Murphy BJ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and mechanistic insight into Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase 著者: Dubach VRA / San Segundo-Acosta P / Murphy BJ | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.5 KB 21.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 117.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 52.1 MB 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 879.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 879 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | B-factor sharpened map used for atomic model building and figures. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.955 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Raw unsharpened map obtained after merging half maps.
ファイル | emd_18646_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw unsharpened map obtained after merging half maps. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A obtained during final refinement in cryoSPARC.
ファイル | emd_18646_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A obtained during final refinement in cryoSPARC. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B obtained during final refinement in cryoSPARC.
ファイル | emd_18646_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B obtained during final refinement in cryoSPARC. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase with FAD and heme cofactor...
全体 | 名称: Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase with FAD and heme cofactors and NADH bound |
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要素 |
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-超分子 #1: Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase with FAD and heme cofactor...
超分子 | 名称: Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase with FAD and heme cofactors and NADH bound タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: FAD-binding FR-type domain-containing protein
分子 | 名称: FAD-binding FR-type domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 46.060551 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EFSMKSVKGL LFIIASFILT LLTWMNTSPQ FMIPGLALTS LSLTFILATR LPLLESWFHS LEKVYTVHKF TAFLSIILLI FHNFSMGGL WGSRLAAQFG NLAIYIFASI ILVAYLGKYI QYEAWRWIHR LVYLAYILGL FHIYMIMGNR LLTFNLLSFL V GSYALLGL ...文字列: EFSMKSVKGL LFIIASFILT LLTWMNTSPQ FMIPGLALTS LSLTFILATR LPLLESWFHS LEKVYTVHKF TAFLSIILLI FHNFSMGGL WGSRLAAQFG NLAIYIFASI ILVAYLGKYI QYEAWRWIHR LVYLAYILGL FHIYMIMGNR LLTFNLLSFL V GSYALLGL LAGFYIIFLY QKISFPYLGK ITHLKRLNHD TREIQIHLSR PFNYQSGQFA FLKIFQEGFE SAPHPFSISG GH GQTLYFT VKTSGDHTKN IYDNLQAGSK VTLDRAYGHM IIEEGRENQV WIAGGIGITP FISYIREHPI LDKQVHFYYS FRG DENAVY LDLLRNYAQK NPNFELHLID STKDGYLNFE QKEVPEHATV YMCGPISMMK ALAKQIKKQN PKTELIYEGF KFK UniProtKB: FAD-binding FR-type domain-containing protein |
-分子 #2: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: FAD |
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分子量 | 理論値: 785.55 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-FAD: |
-分子 #3: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HEM: |
-分子 #4: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAI |
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分子量 | 理論値: 665.441 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAI: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 64 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 6 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22259 / 平均露光時間: 3.96 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 / 詳細: Movies were collected in EER format. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 215000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Model was fit using ChimeraX. Coot and PHENIX were used for model refinement. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 26.54 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
得られたモデル | ![]() PDB-8qt9: |