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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18576 | |||||||||
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タイトル | Afp1-16 cap | |||||||||
マップデータ | Afp1-16 cap | |||||||||
試料 |
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キーワード | Contractile Injection System / CONTRACTILE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Serratia entomophila (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Rebrova EM / Taylor MMI | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: N-terminal toxin signal peptides efficiently load therapeutics into a natural nano-injection system 著者: Steiner-Rebrova EM / Ejaz RN / Kielkopf CS / Ruiz MP / Marin-Arraiza L / Hendriks IA / Nissen JN / Pozdnyakova I / Pape T / Regaiolo A / Gotz K / Heermann R / Rasmussen S / Nielsen ML / Taylor NMI | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18576.map.gz | 1.8 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18576-v30.xml emd-18576.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18576_fsc.xml | 26.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18576.png | 29.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18576.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_18576_half_map_1.map.gz emd_18576_half_map_2.map.gz | 1.8 GB 1.8 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18576 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18576 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18576_validation.pdf.gz | 916 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18576_full_validation.pdf.gz | 915.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18576_validation.xml.gz | 37.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18576_validation.cif.gz | 49.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18576 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18576 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18576.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Afp1-16 cap | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_18576_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_18576_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Anti-feeding prophage without native effectors
全体 | 名称: Anti-feeding prophage without native effectors |
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要素 |
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-超分子 #1: Anti-feeding prophage without native effectors
超分子 | 名称: Anti-feeding prophage without native effectors / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Serratia entomophila (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 1xPBS |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: OTHER / 実像数: 6589 / 平均電子線量: 39.67 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |