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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18455 | |||||||||
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タイトル | Human Adenovirus type 11 fiber knob in complex with its cell receptors, Desmoglein-2 and CD46 | |||||||||
マップデータ | This is the 3D reconstruction of hAd11k in complex with rDSG2 and CD46 | |||||||||
試料 |
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キーワード | adenovirus (アデノウイルス) / cell entry / receptor binding (受容体) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / negative regulation of complement activation, classical pathway / desmosome organization / ケラチン / T cell mediated immunity / 接着斑 ...sequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / negative regulation of complement activation, classical pathway / desmosome organization / ケラチン / T cell mediated immunity / 接着斑 / regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / positive regulation of memory T cell differentiation / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of regulatory T cell differentiation / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of heart rate by cardiac conduction / single fertilization / positive regulation of interleukin-10 production / RHOG GTPase cycle / 介在板 / lateral plasma membrane / maternal process involved in female pregnancy / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / complement activation, classical pathway / positive regulation of T cell proliferation / cell adhesion molecule binding / response to progesterone / Regulation of Complement cascade / 細胞接着 / カプシド / cell-cell junction / virus receptor activity / 細胞結合 / signaling receptor activity / 獲得免疫系 / 細胞接着 / cadherin binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / negative regulation of gene expression / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / 自然免疫系 / host cell nucleus / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Human adenovirus 11 (ヒトアデノウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Effantin G | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2023 タイトル: Toward the understanding of DSG2 and CD46 interaction with HAdV-11 fiber, a super-complex analysis. 著者: Gregory Effantin / Marc-André Hograindleur / Daphna Fenel / Pascal Fender / Emilie Vassal-Stermann / 要旨: The main limitation of oncolytic vectors is neutralization by blood components, which prevents intratumoral administration to patients. Enadenotucirev, a chimeric HAdV-11p/HAdV-3 adenovirus ...The main limitation of oncolytic vectors is neutralization by blood components, which prevents intratumoral administration to patients. Enadenotucirev, a chimeric HAdV-11p/HAdV-3 adenovirus identified by bio-selection, is a low seroprevalence vector active against a broad range of human carcinoma cell lines. At this stage, there's still some uncertainty about tropism and primary receptor utilization by HAdV-11. However, this information is very important, as it has a direct influence on the effectiveness of HAdV-11-based vectors. The aim of this work is to determine which of the two receptors, DSG2 and CD46, is involved in the attachment of the virus to the host, and what role they play in the early stages of infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18455.map.gz | 46.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18455-v30.xml emd-18455.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18455_fsc.xml | 8.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18455.png | 92.1 KB | ||
マスクデータ | emd_18455_msk_1.map | 59.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18455.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_18455_half_map_1.map.gz emd_18455_half_map_2.map.gz | 46.3 MB 46.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18455 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18455 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18455.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the 3D reconstruction of hAd11k in complex with rDSG2 and CD46 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18455_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: This is the 3D reconstruction of hAd11k in...
ファイル | emd_18455_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | This is the 3D reconstruction of hAd11k in complex with rDSG2 and CD46 - half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: This is the 3D reconstruction of hAd11k in...
ファイル | emd_18455_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | This is the 3D reconstruction of hAd11k in complex with rDSG2 and CD46 - half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex between the human adenovirus 11 fiber knob, the human des...
全体 | 名称: Complex between the human adenovirus 11 fiber knob, the human desmoglein 2 (domains ec2/ec3) and the human CD46 (domains SCR1 and SCR2) |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex between the human adenovirus 11 fiber knob, the human des...
超分子 | 名称: Complex between the human adenovirus 11 fiber knob, the human desmoglein 2 (domains ec2/ec3) and the human CD46 (domains SCR1 and SCR2) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Fiber protein
分子 | 名称: Fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 11 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 35.564773 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTKRVRLSDS FNPVYPYEDE STSQHPFINP GFISPNGFTQ SPNGVLTLKC LTPLTTTGGS LQLKVGGGLT VDDTNGFLKE NISATTPLV KTGHSIGLPL GAGLGTNENK LCIKLGQGLT FNSNNICIDD NINTLWTGVN PTEANCQIMN SSESNDCKLI L TLVKTGAL ...文字列: MTKRVRLSDS FNPVYPYEDE STSQHPFINP GFISPNGFTQ SPNGVLTLKC LTPLTTTGGS LQLKVGGGLT VDDTNGFLKE NISATTPLV KTGHSIGLPL GAGLGTNENK LCIKLGQGLT FNSNNICIDD NINTLWTGVN PTEANCQIMN SSESNDCKLI L TLVKTGAL VTAFVYVIGV SNNFNMLTTH RNINFTAELF FDSTGNLLTR LSSLKTPLNH KSGQNMATGA ITNAKGFMPS TT AYPFNDN SREKENYIYG TCYYTASDRT AFPIDISVML NRRAINDETS YCIRITWSWN TGDAPEVQTS ATTLVTSPFT FYY IREDD UniProtKB: 繊維状タンパク質 |
-分子 #2: Membrane cofactor protein
分子 | 名称: Membrane cofactor protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 43.795164 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEPPGRRECP FPSWRFPGLL LAAMVLLLYS FSDACEEPPT FEAMELIGKP KPYYEIGERV DYKCKKGYFY IPPLATHTIC DRNHTWLPV SDDACYRETC PYIRDPLNGQ AVPANGTYEF GYQMHFICNE GYYLIGEEIL YCELKGSVAI WSGKPPICEK V LCTPPPKI ...文字列: MEPPGRRECP FPSWRFPGLL LAAMVLLLYS FSDACEEPPT FEAMELIGKP KPYYEIGERV DYKCKKGYFY IPPLATHTIC DRNHTWLPV SDDACYRETC PYIRDPLNGQ AVPANGTYEF GYQMHFICNE GYYLIGEEIL YCELKGSVAI WSGKPPICEK V LCTPPPKI KNGKHTFSEV EVFEYLDAVT YSCDPAPGPD PFSLIGESTI YCGDNSVWSR AAPECKVVKC RFPVVENGKQ IS GFGKKFY YKATVMFECD KGFYLDGSDT IVCDSNSTWD PPVPKCLKVL PPSSTKPPAL SHSVSTSSTT KSPASSASGP RPT YKPPVS NYPGYPKPEE GILDSLDVWV IAVIVIAIVV GVAVICVVPY RYLQRRKKKG TYLTDETHRE VKFTSL UniProtKB: CD46 |
-分子 #3: Desmoglein-2
分子 | 名称: Desmoglein-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 122.421633 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MARSPGRAYA LLLLLICFNV GSGLHLQVLS TRNENKLLPK HPHLVRQKRA WITAPVALRE GEDLSKKNPI AKIHSDLAEE RGLKITYKY TGKGITEPPF GIFVFNKDTG ELNVTSILDR EETPFFLLTG YALDARGNNV EKPLELRIKV LDINDNEPVF T QDVFVGSV ...文字列: MARSPGRAYA LLLLLICFNV GSGLHLQVLS TRNENKLLPK HPHLVRQKRA WITAPVALRE GEDLSKKNPI AKIHSDLAEE RGLKITYKY TGKGITEPPF GIFVFNKDTG ELNVTSILDR EETPFFLLTG YALDARGNNV EKPLELRIKV LDINDNEPVF T QDVFVGSV EELSAAHTLV MKINATDADE PNTLNSKISY RIVSLEPAYP PVFYLNKDTG EIYTTSVTLD REEHSSYTLT VE ARDGNGE VTDKPVKQAQ VQIRILDVND NIPVVENKVL EGMVEENQVN VEVTRIKVFD ADEIGSDNWL ANFTFASGNE GGY FHIETD AQTNEGIVTL IKEVDYEEMK NLDFSVIVAN KAAFHKSIRS KYKPTPIPIK VKVKNVKEGI HFKSSVISIY VSES MDRSS KGQIIGNFQA FDEDTGLPAH ARYVKLEDRD NWISVDSVTS EIKLAKLPDF ESRYVQNGTY TVKIVAISED YPRKT ITGT VLINVEDIND NCPTLIEPVQ TICHDAEYVN VTAEDLDGHP NSGPFSFSVI DKPPGMAEKW KIARQESTSV LLQQSE KKL GRSEIQFLIS DNQGFSCPEK QVLTLTVCEC LHGSGCREAQ HDSYVGLGPA AIALMILAFL LLLLVPLLLL MCHCGKG AK GFTPIPGTIE MLHPWNNEGA PPEDKVVPSF LPVDQGGSLV GRNGVGGMAK EATMKGSSSA SIVKGQHEMS EMDGRWEE H RSLLSGRATQ FTGATGAIMT TETTKTARAT GASRDMAGAQ AAAVALNEEF LRNYFTDKAA SYTEEDENHT AKDCLLVYS QEETESLNAS IGCCSFIEGE LDDRFLDDLG LKFKTLAEVC LGQKIDINKE IEQRQKPATE TSMNTASHSL CEQTMVNSEN TYSSGSSFP VPKSLQEANA EKVTQEIVTE RSVSSRQAQK VATPLPDPMA SRNVIATETS YVTGSTMPPT TVILGPSQPQ S LIVTERVY APASTLVDQP YANEGTVVVT ERVIQPHGGG SNPLEGTQHL QDVPYVMVRE RESFLAPSSG VQPTLAMPNI AV GQNVTVT ERVLAPASTL QSSYQIPTEN SMTARNTTVS GAGVPGPLPD FGLEESGHSN STITTSSTRV TKHSTVQHSY S UniProtKB: デスモグレイン2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |